ИСТИНА

Программа FINDENSE входит в состав комплекса параллельных программ iHCE, который предназначен для поиска высококонсервативных элементов (ВКЭ) в наборе геномов. Она реализует заключительный третий этап поиска ВКЭ, а именно преобразует построенный программой BLDGRAPH многодольный начальный граф в финальный, выделяя в нём m-плотные подграфы (кластеры), состоящие из вершин (с приписанными им словами), которые принадлежат не менее чем m долям и соединены рёбрами с наибольшим суммарным весом. Каждый такой кластер (кроме, быть может, образовавшегося гигантского кластера) считается предсказанным ВКЭ. Алгоритм организован по принципу клеточного автомата с синхронизацией после каждого шага; он потребляет мало памяти, однако использует интенсивный обмен информацией между параллельно выполняющимися процессами. Программа FINDENSE предназначена для вычислительных кластеров с быстрой коммуникационной подсистемой, но работоспособна и на обычных ПК или серверах с многоядерными процессорами. Программа имеет интерфейс командной строки и распараллелена с использованием библиотек стандарта MPI 2.1 и выше.