ИСТИНА

Представлен алгоритм, позволяющий строить выравнивания последовательностей бета-содержащих белков на основе сходства их топологий. Разработанная программа учитывает при построении выравнивания информацию о близком расположении (спаривании) остатков из разных бета-тяжей. Алгоритм позволяет найти оптимальное выравнивание, удовлетворяющее следующему условию: выровненность любых двух остатков из бета-тяжей влечет за собой также и выровненность спаренным с ними остатков. Это позволяет существенно сократить количество количество допустимых выравниваний и находить правильное даже в тех случаях, когда стандартные алгоритмы не позволяют этого сделать из-за низкого сходства последовательностей.