ИСТИНА

Pectobacteriaceae – семейство, включающее большое разнообразие фитопатогенных бактерий, способных поражать широкий спектр хозяев. В частности, ряд представителей этой группы способны инфицировать клубни и сосудистую систему картофеля, являясь возбудителями мягкой гнили и черной ножки. Развитие инфекции приносит существенные потери урожая и требует разработки методов контроля распространения инфекции. В частности, необходима возможность быстрой видоспецифичной детекции патогена как для оценки заражения партии, так и для подбора методов профилактики распространения заражения, в частности, при использовании фаготерапии. Целью данной работы была разработка нового метода детекции на основе ПЦР в реальном времени для идентификации видов Pectobacterium в соответствии с современной таксономией. Для этого был использован алгоритм поиска локальных гомологий, позволивший найти уникальные участки в геномах P. parmentieri, P.atrosepticum, P.brasiliense и P.versatile. Для выделенных уникальных участков были сконструированы праймеры и зонды и была успешно проведена валидация методики ПЦР детекции. На наборе из 109 штаммов для каждой тест-системы была доказана специфичность, возможность проводить детекцию непосредственно в растительных образцах, а так же высокая эффективность (>90%) и чувствительность реакции (102-103 копий/мл).