ИСТИНА

Представлен новый алгоритм докинга, примененный к проблеме докинга гибкого лиганда в белок-мишень с подвижными атомами. Энергия комплекса белок-лиганд вычисляется в рамках силового поля MMFF94 в вакууме. Конформационное пространство системы формируется вращениями и трансляциями лиганда как целого, внутренними вращениями лиганда, а также декартовыми координатами выбранных атомов белка. Этот алгоритм реализован в новой параллельной программе докинга SOL-P. Представлены результаты исследования работы этой программы для 30 тестовых комплексов белок-лиганд. Показано, что учет подвижности атомов белка улучшает точность позиционирования при докинге. Программа SOL-P в состоянии успешно выполнить докинг гибкого лиганда в активный центр белка-мишени с несколькими десятками подвижных атомов белка – до 157 степеней свободы системы.