|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ЦЭМИ РАН |
||
Биоинженерияучебный курс
- Авторы: Лукьянов С.А., Ребриков Д.В.
- Год создания: 2012
- Организация: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Описание: Тема 1: Современная концепция гена. Структурные элементы гена. Модули, контролирующие транскрипцию, в эукариотических генах, кодирующих белки. Понятие о коровом промоторе, энхансерах, сайленсерах, инсуляторах и проксимальной промоторной области. Центральная догма молекулярной биологии. Пост-транскрипционная модификация РНК. Альтернативный сплайсинг. Тема 2: Сложность генома. Размеры геномов. Определение термина «Геном», «Генотип» и «Фенотип». Корреляция между размером эукариоического генома и биологической сложностью видов. Повторяющиеся элементы в геноме. Подходы к изучению генов, белков и геномов. Тема 3: Эндонуклеазы рестрикции. Эндонуклеазы рестрикции II типа, их номенклатура и субстратная специфичность. Формы разрывов ДНК, образующихся под действием рестриктаз II типа. Тема 4: Отбор клонов из библиотек ДНК. Использование изотопов для мечения нуклеотидов. Приготовление гибридизационных зондов (ник-трансляция, амплификация со случайного праймера, достраивание концов с помощью фрагмента Кленова). Тема 5: Понятие о векторе (в биоинженерии). Основные компоненты вектора. Использование бактериальных плазмид в качестве векторов. Полилинкер. Бело-голубая селекция. Введение чужеродной ДНК в клетку: химическая трансформация и электропорация. Тема 6: ДНК лигазы. Лигирование фрагментов ДНК. Продукты лигирования вектора и вставки. Использование щелочной фосфатазы и полинуклеотидкиназы при лигировании. Создание сайтов рестрикции на концах молекул ДНК с помощью линкеров, адапторов и ПЦР. Тема 7: Векторы на основе хромосомы фага λ. Космиды и их емкость. Использование космид и векторов на основе хромосомы фага λ. Тема 8: Искусственные хромосомы BAC и YAC. Их емкость и применение. Приготовление библиотеки геномной ДНК. Виды геномных библиотек. Репрезентативность библиотеки ДНК. Упорядоченные библиотеки ДНК. Тема 9: Секвенирование ДНК по методу Сэнгера. Дидезоксинуклеотиды. Ферменты, используемые для секвенирования по методу Сэнгера. Стратегия секвенирования больших геномов методом shotgun. Тема 10: Полимеразная цепная реакция. Основные компоненты ПЦР. Типичная программа ПЦР. Температура отжига праймеров. Влияние различных компонентов на эффективность ПЦР. Контроли, используемые при постановке ПЦР. Основные проблемы, возникающие при постановке ПЦР. Тема 11: Термостабильные ДНК полимеразы. Специфичность ПЦР: ПЦР с «горячим стартом», Nested PCR, Step-out PCR. Амплификация длинных фрагментов ДНК с использованием смесей термостабильных полимераз. Тема 12: Real-time PCR. Способы детекции ДНК в ходе количественного ПЦР – флуоресцентные интеркаляторы, меченные праймеры и зонды (технологии TaqMan, Scorpions, Beacons) . Использование «contact quenching» и FRET in Real-time PCR. Относительное и абсолютное определение концентрации ДНК в образцах с помощью Real-time PCR. Области применения Real-time PCR. Тема 13: Стратегия поиска генов в случаях, когда известна частичная последовательность белка или известен ряд гомологов из других организмов. ПЦР с вырожденным праймером. Тема 14: Амплификация фрагментов ДНК фланкирующих участок с известной последовательностью. Inverse PCR. Vectorette PCR. Тема 15: Селективная супрессия ПЦР (ССП). Параметры, влияющие на ССП-эффект. Введение инвертированных концевых повторов в структуру ДНК с помощью лигирования. Регуляция средней длины сложных продуктов ПЦР с помощью ССП. Тема 16: Схема метода амплификации концевых фрагментов ДНК с использованием селективной супрессии ПЦР. Тема 17: Обратные транскриптазы. Синтез кДНК обратной транскриптазой. Обратная транскрипция-ПЦР. Схема приготовления двухцепочечной кДНК. Обогащение полноразмерными последовательностями кДНК. Тема 18: Приготовление кДНК по технологии SMART. Амплификация образцов кДНК. Регуляция длины амплифицированной кДНК. Источники фоновой амплификации при приготовлении кДНК по технологии SMART. Репрезентативность образцов кДНК. Тема 19: Амплификация фрагментов кДНК фланкирующих участок с известной последовательностью (RACE). RACE по технологии SMART. Step-Out PCR. Регуляция длины продукта RACE. Тема 20: Способы введения мутаций в последовательность ДНК. Ненаправленный мутагенез. Направленный мутагенез с использованием ПЦР. Тема 21: Анализ дифференциальной экспрессии генов. Использование чипов и микрочипов для анализа профилей экспрессии генов. Типы твердых носителей. Способы прикрепления ДНК на твердый носитель. Достоинства и недостатки технологий анализа дифференциальной экспрессии генов с помощью чипов и микрочипов. «Tissue arrays». Тема 22: Стратегия вычитающей гибридизации. Супрессионная вычитающая гибридизация кДНК. Тема 23: Высокопроизводительное секвенирование (NGS). Современные платформы секвенирования. Основные технологии массированного секвенирования: «454», «Solexa», «SoLid», Ion semiconductor sequencing - IonTorrent. Тема 24: Проблемы секвенирования полных геномов. Методы отбора последовательностей экзонов (Технологии «Genome-wide in situ exon capture for selective resequencing», Sure Select, Methylation filtration и «High Cot » анализ).
- Добавил в систему: Ребриков Денис Владимирович
Преподавание курса
- с 2 октября 2017 Каменский Петр Андреевич
- МГУ имени М.В. Ломоносова, Биологический факультет, Кафедра молекулярной биологии
- обязательная, базовой части, лекции, 56 часов
- Авторы: Лукьянов С.А., Ребриков Д.В.
- 7 октября 2014 - 26 мая 2015 Ребриков Денис Владимирович
- МГУ имени М.В. Ломоносова, Биологический факультет
- обязательная, вариативной части, лекции, 28 часов
- Авторы: Лукьянов С.А., Ребриков Д.В.