Аннотация:С помощью методов молекулярного моделирования исследованы взаимодействия β лактамных антибиотиков с недавно открытым ферментом L,D-транспептидазой, играющим важную роль в формировании клеточной стенки Mycobacterium tuberculosis. Установлены критерии образования реакционноспособных комплексов при связывании β-лактамных соединений в активном центре фермента. Показано, что продуктивное связывание антибиотика происходит только в канале C. Выявлена роль конформационных переходов «крышки» активного центра фермента при сорбции-десорбции β-лактамных соединений различных классов. Обнаружено, что при связывании β лактамных антибиотиков с объемными заместителями при αС атоме кольца невозможно образование закрытой конформации, препятствующей уходу ингибитора из активного центра фермента.
Выяснена причина неэффективности классических антибиотиков пенициллинового ряда в отношении L,D-транспептидазы. Обнаружена ключевая роль конфигурации αС атома β лактамного кольца в образовании реакционноспособного комплекса. Установлено, что в случае пенициллинов причина неспособности образовать реакционноспособные комплексы и инактивировать фермент кроется в конкуренции кислорода амидной связи заместителя при αС атоме кольца с кислородом кольца за образование водородных связей в оксианионном центре.