|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ЦЭМИ РАН |
||
Изучение особенностей распознавания олигосахаридных субстратов нейраминидазой вируса гриппа А методами молекулярного моделированиядипломная работа (Бакалавр)
- Научные руководители: Швядас В.К., Кирилин Е.М.
- Автор: Сафина Ксения Радиковна
- Тип: Бакалавр
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Год защиты: 2014
- Аннотация: КУРСОВАЯ РАБОТА СТУДЕНТА 3 КУРСА Одним из ключевых белков вируса гриппа А, обеспечивающих его эффективное распространение, является нейраминидаза. Нейраминидазы птичьего и человеческого вирусов обладают субстратной специфичностью, эффективно гидролизуя рецепторы с α-2,3- или α-2,6-связанной терминальной сиаловой кислотой, преобладающие в дыхательных путях птиц или людей, соответственно. Было предположено, что различия в субстратной специфичности нейраминидаз вирусов гриппа 1918 и 2004 годов обуславливают их различную способность к передаче в человеческой популяции. В связи с этим был проведён анализ связывания двух типов субстратов нейраминидазами, принадлежащими вирусам гриппа 1918 и 2004 годов, с помощью методов молекулярного моделирования. Для анализа были подготовлены структуры трисахаридов, соответствующих характерным субстратам нейраминидаз человеческого и птичьего вирусов гриппа. Метод обмена реплик молекулярной динамики позволил расширить конформационное пространство трисахаридов, анализ которого показал, что в свободной форме субстрата наряду с наиболее стабильной конформацией кресла сиаловая кислота принимает конформацию лодки или псевдолодки. Полученные структуры были использованы для построения фермент-субстратных комплексов методом молекулярного докинга с последующей симуляцией методом молекулярной динамики, что позволило изучить поведение субстратов в активном сайте фермента во времени в зависимости от типа субстрата и его исходного конформационного состояния. Была проведена оценка свободной энергии связывания субстратов в различных конформациях. Полученные результаты и выводы предполагается использовать в дальнейшем для построения и анализа мутантных структур фермента и изучения влияния отдельных аминокислотных остатков на его субстратную специфичность.
- Добавил в систему: Кирилин Евгений Михайлович