|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ЦЭМИ РАН |
||
Моделирование конформационных переходов в реакции ферментативного гидролиза гуанозинтрифосфатадипломная работа (Специалист)
- Научные руководители: Григоренко Б.Л., Лычко Л.А.
- Автор: Анучин Н.М.,
- Тип: Специалист
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Год защиты: 2017
- Аннотация: В данной работе при помощи компьютерного моделирования было проведено исследование конформационного поведения белка Ras в ферментативном комплексе Ras-GAP (PDBid 1WQ1). Белок Ras является представителем семейства малых ГТФах и отвечает за передачу сигналов. В ходе цикла своей активности он может находится в двух конформациях, отвечающих активной и неактивной форме. Переход из активной формы в неактивную сопровождается гидролизом субстрата, гуанозинтрифосфата и выходом продукта реакции гидролиза, неорганического фосфата, из активного центра. Некоторые мутации деактивируют процесс гидролиза гуанозинтрифосфата, в ходе чего белок Ras становится онкогенным. Целью работы было определить путь выхода в раствор неорганического фосфата – продукта гидролиза гуанозинтрифосфата – и охарактеризовать протекающие при этом конформационные изменения. С помощью различных методов молекулярной динамики было осуществлено моделирование выхода фосфата из активного центра. Согласно полученным данным, на первом, обратимом этапе фосфат покидает координационную сферу катиона Mg 2+ , являющегося кофактором белка Ras. На следующем происходит выходит фосфата в растворе по пути между двумя белками. Для исследования конформационных изменений применялся метод молекулярной динамики, а также метод динамического сетевого анализа с разбиением на кластеры по алгоритму Гирвана-Ньюмана. Были отмечены остатки, отвечающие за переход белка Ras в неактивное состояние, а также отдельно выделены остатки, связанные с белком GAP.
- Добавил в систему: Лычко Леонора Алексеевна