|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ЦЭМИ РАН |
||
In silico скрининг библиотеки низкомолекулярных соединений для поиска новых ингибиторов L,D-транспептидазы из M. tuberculosisдипломная работа (Специалист)
- Научные руководители: Швядас В.К., Балдин С.М.
- Автор: Марочкин Владислав Геннадьевич
- Тип: Специалист
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова, Химический факультет
- Год защиты: 2021
- Аннотация: Проведён анализ соотношения скорость-точность для нескольких программных пакетов для молекулярного докинга, установлено, что при практически на два порядка отличающихся скоростях докинга испытуемых трёх программ (AutoDock, Smina и AutoDock-GPU) их точность практически идентична. В базе данных коммерчески доступных низкомолекулярных соединений ZINC выбрано 10.4 млн. отвечающих критериям Липински соединений, из которых выделена библиотека 870 тысяч сульфаниламидов. Для последующего компьютерного скрининга подготовлены модели рецепторов – трёх конформации каталитического домена С LdtMt2. Разработан набор скриптов для подготовки, запуска, анализа и фильтрации по энергии результатов скрининга. В качестве критериев для виртуального скрининга выбраны наиболее характерные взаимодействия ингибиторов – сульфаниламидов – в активном центре каталитического домена C LdtMt2. Установлено, что сульфаниламидная группа лиганда способна образовывать несколько водородных связей с остатками Trp340, Thr350, Ser351, Asn356, в области оксианионного центра, сформированного остатками Cys354, Gly353 и His352, предпочтительно связывание пептидных и сложноэфирных групп, в области гидрофобного кармана, сформированного остатками Val322, Ile301, происходит образование гидрофобных контактов и связывание атомов галогенов. Последовательной фильтрацией результатов виртуального скрининга с помощью веб-сервера vsFilt с учётом взаимодействий лигандов с рецепторами отобрано 55 молекул-кандидатов для экспериментальной проверки ингибиторных свойств.
- Добавил в систему: Швядас Витаутас-Юозапас Каятоно