|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ЦЭМИ РАН |
||
Применение методов транскриптомики и метаболомики для анализа поляризации клеток при воспалениидипломная работа (Специалист)
- Научный руководитель: Чистяков Дмитрий Викторович
- Автор: Гавриш Глеб Евгеньевич
- Тип: Специалист
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Год защиты: 2021
- Аннотация: Воспаление играет ключевую роль в развитии различных патологий центральной нервной системы (ЦНС), таких как Болезнь Паркинсона, болезнь Альцгеймера, рассеянный склероз. Ранее основную роль в воспалении ЦНС отводили клеткам микроглии и макрофагам крови, но в последнее время считается, что роль астроцитов в этом процессе недооценена, и астроциты могут играть ключевую роль в развитии различных патологий. В связи с этим становится актуальным поиск путей управления воспалительными процессами, в частности состоянием клеток. Одним из перспективных подходов к управлению воспалительным процессом является поляризация/реполяризация клеток из одного фенотипа в другой. Поляризация клеток — это процесс, при котором клетки принимают различные функциональные программы в ответ на сигналы из их микроокружения. Различные поляризационные фенотипы показаны как для макрофагов, так и для клеток нервной глии — микроглии и астроцитов. Регуляция состояний астроцитов представляется эффективным путем в лечении и предотвращении воспалительных процессов ЦНС. Важную роль в поляризации клеток играют сигнальные молекулы, оксилипины — производные полиненасыщенных жирных кислот. Оксилипины являются перспективным типом сигнальных молекул, по которому возможно определение типов поляризации, однако их изменения при поляризации астроцитов в различные состояния ранее не были исследованы. Для комплексного анализа клеточного ответа используют объединение высокопроизводительных методов. Объединение подходов транскриптомики и метаболомики (мультиомиксный подход) позволяет не только оценить изменение в сигнальных молекулах, но и получить представление о процессах, регулирующих их синтез. В данной работе мы сосредоточились на нескольких аспектах изучения поляризации клеток при воспалении. На первом этапе методами клеточной биологии и масспектрометрии UPLC-MS/MS были оценены изменения в синтезе оксилипинов при обработке первичных астроцитов крысы различными про- (LPS) и антивоспалительными (IL-4) веществами. Далее методами биоинформатики с помощью созданной в ходе работы программы систематического анализа транскриптомных данных ARGEOS и разработанного пайплайна для их дальнейшего анализа исследовались профили экспрессии генов различных клеток при их обработке LPS и IL-4. Проведение сопоставления дифференциально экспрессирующихся генов при различных поляризационных адаптациях позволило выявить ключевые элементы метаболического пути синтеза оксилипинов, характеризующих состояние клеток при их поляризации.
- Добавил в систему: Чистяков Дмитрий Викторович