|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ЦЭМИ РАН |
||
Поиск не идентифицированных энхансеров гена RUNX1 человекадипломная работа (Бакалавр)
- Научный руководитель: Ульянов С.В.
- Автор: Никитин Д.М.
- Тип: Бакалавр
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова, Кафедра молекулярной биологии
- Год защиты: 2017
- Аннотация: Дифференцировка эритроидных клеток – один из самых изученных процессов клеточного развития и спецификации. У всех позвоночных она происходит в два этапа: эмбриональный и взрослый. Переключение между этими двумя стадиями происходит параллельно смене экспрессии разных типов глобинов. Белок RUNX1 (Runt-related transcription factor 1) – транскрипционный фактор позвоночных, запускающий эмбриональный эритропоэз и переключающий его во взрослый режим, известен благодаря своей роли в развитии миелоидной лейкемии (Ichikawa et al, 2013). Помимо эритроидной линии, RUNX1 также участвует в регуляции дифференцировки лимфоидных клеток (Growney et al, 2005) и развитии скелетной и мышечной систем (Smith et al, 2005, Umansky et al, 2005). Как и многие транскрипционные факторы, RUNX1 состоит из двух доменов: ДНК-связывающего и трансактивационного (Yamagata et al, 2005). RUNX1 привлекает разнообразные коактиваторы к промоторам генов-мишеней, но может выполнять и репрессивную роль (Levanon et al. 1998, Wheeler et al. 2000, Lutterbach et al. 2000). У гена RUNX1, как и у двух других представителей его семейства, известно два промотора: проксимальный и дистальный, разделенные расстоянием в 160 т.п.н. (Ghozi et al., 1996). С этих двух промоторов считываются три белковых изоформы: RUNX1a, RUNX1b, и RUNX1c, различающиеся длиной и возникающие, по видимому, в результате альтернативной инициации транскрипции (Miyoshi et al. 1995). Изоформы RUNX1 дифференциально экспрессируются и выполняют разные функции. На данный момент известно, что ген RUNX1 регулируется специфичными для кроветворения энхансерами, однако охарактеризовано только два из них (Nottingham et al, 2007, Gunnell et al, 2016, Bee et al. 2010). Однако эпигеномные данные распределения модификаций хроматина в генной пустыне, находящейся за дистальным промотором RUNX1, позволяют предположить, что энхансеров у гена определенно больше. В нашем распоряжении имелась линия плюрипотентных клеток, индуцированных по пути эритроидной дифференцировки. Данная клеточная экспериментальная система, моделирующая процессы эритропоэза in vivo, охарактеризована с точки зрения активности генов на разных стадиях дифференцировки. Однако, ничего не известно о динамике трехмерной организации генома и структуре локуса RUNX1 по ходу дифференцировки. В данном исследовании мы поставили целью изучить изменения топологии генома и локуса RUNX1 по ходу эритроидной дифференцировки индуцированных плюрипотентных клеток, и, в частности, выявить свидетельства наличия регуляторных элементов, активных в отношении гена RUNX1, и расположенных в прилегающей к нему генной пустыне. Для достижения вышеуказанной цели были поставлены следующие экспериментальные задачи: 1. Исследовать динамику контактов между регионом генной пустыни и геном RUNX1 в ходе эритроидной дифференцировки. 2. Выяснить, как в ходе дифференцировки меняются контакты хромосом друг с другом (в том числе с 21-й, содержащей целевой ген). 3. Исследовать функциональные группы генов, переходящие в ходе дифференцировки из активного компартмента в неактивный и наоборот.
- Добавил в систему: Ульянов Сергей Владимирович