|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ЦЭМИ РАН |
||
Молекулярное моделирование эффекта мутаций ATM протеинкиназы на способность фосфорилировать целевые белкидипломная работа (Специалист)
- Научные руководители: Швядас В.К., Кирилин Е.М.
- Автор: Коннов С.И.
- Тип: Специалист
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Год защиты: 2023
- Аннотация: ATM является серин/треониновой протеинкиназой, относящейся к семейству PIKK киназ, которая играет ключевую роль в инициации ответа на двухцепочечные разрывы ДНК. Активированная двухцепочечными разрывами ATM фосфорилирует порядка 700 субстратов, воздействующих на клеточный цикл и механизмы репарации ДНК, одним из наиболее значимых субстратов является транскрипционный фактор p53. Мутации в ATM способны вызывать атаксию телеангиэктазию - редкое аутосомно-рецессивное заболевание, которое значительно повышает риск развития рака. Различные мутации в ATM встречаются у многих онкобольных, в том числе обладающих устойчивостью к противоопухолевым препаратам; одной из известных мутаций является замена аргинина в 2691 позиции на цистеин, механизм ее влияния на способность ATM протеинкиназы фосфорилировать целевые белки неизвестен. Получение структуры ATM в высоком разрешении, появление новых методов предсказания структур белка и развитие подходов молекулярной динамики дает возможность лучше понять механизм действия фермента и предсказать влияние мутаций в области остатка аргинина в 2691 позиции на ее способность фосфорилировать целевые белки. Целью работы было моделирование эффекта мутаций ATM протеинкиназы на ее способность фосфорилировать целевые белки и решение следующих задач: провести биоинформатический анализ суперсемейств белков для определения консервативных и специфических позиций, восстановить трехмерную структуру функционального FATKIN домена ATM протеинкиназы, получить данные о двугранных углах из молекулярной динамики для обучения модели, провести молекулярное моделирование с использованием метадинамики на основе нейронных сетей глубокого обучения, анализ конформационных изменений в FATKIN домене, наблюдаемых в процессе метадинамики, определить поверхность свободной энергии, на основе полученных данных о конформационных изменениях предположить возможный механизм влияния мутации аргинина в позиции 2691 на способность ATM фосфорилировать целевые белки.
- Добавил в систему: Швядас Витаутас-Юозапас Каятоно