|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ЦЭМИ РАН |
||
Разработка алгоритма структурной фильтрации для компьютерного скрининга ингибиторовкурсовая работа (Специалист)
- Научный руководитель: Нилов Д.К.
- Автор: Гущина И.В.
- Тип: Специалист
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Кафедра: Факультет биоинженерии и биоинформатики
- Год защиты: 2014
- Курс: 4
- Аннотация: Виртуальный скрининг – распространенный метод поиска новых лекарств in silico, в ходе которого большая библиотека химических соединений подвергается молекулярному докингу с макромолекулярной мишенью – важным для регуляции заболевания белком или нуклеиновой кислотой. В результате скрининга с помощью оценочной функции можно получить наиболее вероятные координаты лигандов в связывающем кармане макромолекулы, а также расчетную энергию связывания. Однако оценочная функция имеет свои недостатки, поэтому для выбора наилучших лигандов необходимо анализировать взаимодействия консервативных аминокислотных остатков связывающего кармана с важными функциональными группами лиганда, поскольку именно наличие специфических взаимодействий часто обеспечивает основной вклад в энергию связывания. Для этого можно воспользоваться структурной фильтрацией: алгоритмами, ищущими функциональные группы в докированных лигандах и возможные взаимодействия между ними и атомами белка с помощью заданных геометрических критериев. При этом из библиотеки отбираются только соединения, образующие интересующие специфические взаимодействия. Такие алгоритмы были реализованы ранее в нашей лаборатории под некоторые задачи по поиску ингибиторов, для анализа конкретных взаимодействий мишени с лигандами. Целью данной работы стало: 1. Создание универсального скрипта структурной фильтрации, который бы позволил анализировать взаимодействия различных функциональных групп, автоматически определять тип взаимодействия и находить атомы, участвующие в нем. 2. Реализация ранее не применявшегося в процессе структурной фильтрации алгоритма поиска гидрофобных взаимодействий. 3. Использование разработанного скрипта структурной фильтрации для компьютерного поиска ингибиторов гемагглютинина.
- Добавил в систему: Нилов Дмитрий Константинович