|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ЦЭМИ РАН |
||
Изучение связывания субстрата пенициллинацилазой методом управляемой молекулярной динамикикурсовая работа (Специалист)
- Научные руководители: Нилов Д.К., Швядас В.К.
- Автор: Гурьянова Н.Н.
- Тип: Специалист
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Кафедра: Факультет биоинженерии и биоинформатики
- Год защиты: 2010
- Курс: 4
- Аннотация: Пенициллинацилаза (ПА) известна как катализатор гидролиза амидной связи в антибиотиках пенициллинового ряда, и широко применяется в производстве полусинтетических пенициллинов и цефалоспоринов. Фермент представляет собой гетеродимер, субъединицы которого формируют структуру с глубокой чашеобразной выемкой в центре, на дне которой находится активный центр. Описание взаимодействия лигандов с аминокислотными остатками в ходе ассоциации и диссоциации может быть полезно как для понимания механизма катализа, так и для рационального дизайна фермента с улучшенными свойствами. В настоящей работе проведено моделирование ассоциации и диссоциации лигандов с пенициллинацилазой методами управляемой молекулярной динамики. Чтобы ускорить изучаемый процесс, к лигандам прикладывали внешнюю силу, которая продвигала молекулу в нужном направлении. Так, при изучении ассоциации, субстрат в стартовой системе расположили в устье чашеобразной выемки, а затем втягивали его в связывающий карман активного центра на дне выемки. При изучении диссоциации продукт реакции в стартовой системе располагался в связывающем кармане, а затем его вытягивали в раствор. В результате были рассчитаны молекулярно-динамические траектории ассоциации и диссоциации. Анализ траекторий позволил выявить ключевые взаимодействия с аминокислотными остатками в ходе изучаемых процессов.
- Добавил в систему: Нилов Дмитрий Константинович