|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ЦЭМИ РАН |
||
Оптимизация параметров программы Mascot для анализа масс-спектров проб конденсата выдыхаемого воздухакурсовая работа (Специалист)
- Научные руководители: Федорченко К.Ю., Филимонов И.С.
- Автор: Очередько Е.С.
- Тип: Специалист
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Кафедра: Факультет биоинженерии и биоинформатики
- Год защиты: 2016
- Курс: 2
- Аннотация: Дыхательная система – важнейшая система жизнеобеспечения – отражает образ жизни человека и состояние его здоровья. Одним из наиболее опасных и распространённых заболеваний дыхательной системы является рак лёгкого. Рак лёгкого занимает первое место среди онкологических заболеваний по заболеваемости и смертности среди мужчин и второе по смертности – среди женщин [0]. Такая эпидемиологическая картина отчасти обусловлена отсутствием методов ранней диагностики рака лёгкого. Так, в настоящее время для диагностики рака лёгкого широко применяются следующие методы: рентгенологическое исследование, бронхоскопия, трансторакальная пункционная биопсия, ультразвуковая диагностика. Все перечисленные методы могут нанести ущерб здоровью пациента и, следовательно, не могут проводиться с достаточной частотой [1]. В настоящее время разработка простых неинвазивных методов диагностики рака лёгкого на ранних стадиях вызывает повышенный интерес. Одним из таких методов является анализ белкового состава конденсата выдыхаемого воздуха (КВВ) [2, 3]. В выдыхаемом воздухе содержится бронхиальный секрет дистальных отделов дыхательных путей. Последний содержит ряд нелетучих и более 200 летучих соединений, часть из которых является биомаркерами болезней органов дыхания, в том числе рака лёгкого [4, 5]. В настоящее время самым эффективным методом для наиболее полного описания белкового состава биологических жидкостей, в том числе КВВ, остаётся высокоэффективная жидкостная хроматография в сочетании с тандемной масс-спектрометрией (ВЭЖХ-МС/МС) [6]. Преимущество этого способа состоит в быстрой идентификации широкого спектра белков в смеси. Кроме того, применение ВЭЖХ-МС/МС позволяет повысить селективность масс- спектрометрического анализа, что позволяет получать данные о белках, концентрация которых в смеси отличается на несколько порядков. При работе с КВВ данное методологическое преимущество представляется критичным, поскольку в пробе КВВ присутствуют и нанограммовые количества потенциальных белковых маркеров, и основные цитоскелетные белки в высокой концентрации [7]. Существует потенциальная методологическая платформа для биомедицинской диагностики, основанная на белковом анализе неинвазивно получаемого КВВ человека [8, 9]. Однако интерпретация результатов белкового состава КВВ до сих пор не стандартизирована. Как правило, для обработки масс-спектров используют специализированное программное обеспечение. Одной из наиболее часто используемых программ является Mascot. Эта программа принимает на вход исследуемый масс-спектр и дополнительные параметры, по которым производится поиск белков. В зависимости от набора поисковых параметров могут быть обнаружены различающиеся наборы белков при интерпретации одного и того же масс-спектра. Целью данной работы является изучение влияния изменяемых параметров программы Mascot на интерпретацию масс-спектров проб конденсата выдыхаемого воздуха, собранных у пациентов с раком лёгкого. Были поставлены следующие задачи: 1. Изучить все изменяемые параметры программы Mascot. 2. Выбрать те изменяемые параметры Mascot, которые могут влиять на результат обработки данных тандемной масс-спектрометрии, исходя из способа пробоподготовки и обработки образцов. 3. Обработать масс-спектры с помощью Mascot с выбранными параметрическими комбинациями; 4. Проанализировать полученные данные.
- Добавил в систему: Федорченко Кристина Юрьевна