ИСТИНА

В настоящее время возникло понимание, что хронические неинфекционные заболевания, включая сердечно-сосудистые патологии, некоторые виды опухолевых заболеваний, диабет 2 типа, легочные заболевания, а также патологии нервной системы характеризуются изменениями в системе врожденного иммунитета и развитием состояний хронического воспаления. Поэтому принципиальным является выяснение механизмов изменения врожденного иммунитета и его эффективности для каждого индивидуального случая заболевания и каждого пациента. Высокопроизводительные методы позволяют получать большое количество данных на молекулярном уровне: геном, транскриптом, протеом, интерактом, метаболом. Проблемой остается соединение результатов этих методов в единые платформы потока данных, которые позволяют оценивать текущее состояние врожденного иммунитета и его эффективность, т.е. возможность выполнять функцию поддержания гомеостаза или переходить в новое состояние с характеристиками хронического воспаления. Цель проекта: создание платформы методов, которая включает различные подходы к анализу омиксных данных, позволяющие объединять информацию от индивидуального пациента (геном, медкарта, паттерн воспаления) с массивом научных данных из открытых баз данных и научных статей для прогнозирования риска возникновения и прогрессирования заболеваний с воспалительной компонентой. Будут решены задачи: 1) определено сходство и различия в проявлении функций врожденного иммунитета в зависимости от вида и тяжести заболевания, 2) построена общая система характеристики различных заболеваний с воспалительной компонентой и проведен сравнительный анализ изменения системы при этих заболевания, выявлено сходство и различие, 3) оценена возможноcть использования метаболомных данных для характеризации различных стадий системных заболеваний, 4) разработана последовательность обращения к базам данных и применения различных статистических методов обработки для характеристики состояния системы врожденного иммунитета при анализе системных заболеваний. В основу проекта положены собственные исследования и собранные коллекции данных, а также разработанные подходы авторов к анализу транскриптомов, метаболомов при изучении воспалительных процессов и изменениях системы врожденного иммунитета при различных патологиях.

Chronic non-infectious diseases, including cardiovascular pathologies, certain types of neoplastic diseases, type 2 diabetes, pulmonary diseases, and nervous system pathologies are characterized by alterations in the innate immune system and development of chronic inflammation states. Therefore, a major fundamental task is to clarify mechanisms of innate immunity alterations for each individual case of the disease and each patient. High-performance methods allow to obtain a large amount of data at the molecular level: genome, transcript, proteome, interactome, metabolome. Сombination of these results into a single platform of data flow, would allow us to assess the current state of innate immunity and its effectiveness, i.e. the ability to perform the function of maintaining homeostasis or move to a new state with characteristics of chronic inflammation. The goal of the project is to create a platform of methods that includes various approaches to analysis of omics data, allowing to combine information from an individual patient (genome, medical card, inflammation pattern) with an array of scientific data from open databases and scientific articles to predict the risk of the onset and progression of diseases with inflammatory component. The following tasks will be solved. 1) similarities and differences in the manifestation of functions of innate immunity were determined depending on the type and severity of the disease, 2) a general system of characteristics of various diseases with an inflammatory component was constructed and a comparative analysis of the system changes in these diseases was carried out, similarities and differences were identified, 3) the possibility of using metabolic data for characterization of various stages of systemic diseases, 4) a sequence of reference to databases and application of various statistical methods has been developed processing to characterize the innate immune system in the analysis system diseases. The project is based on our own research and collected data, as well as developed approaches to the analysis of transcriptomic, metabolomics data during study of inflammation and alterations of innate immune responses in various pathologies.