ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
|
ИСТИНА ЦЭМИ РАН |
||
РНК играет важную роль в регуляции работы хроматина. В последнее время разработан ряд эксперименальных подходов для поиска такого рода взаимодействий. В настоящее время накоплен достаточно большой массив информации по РНК-хроматиновым взаимодействиям. Однако пока не разработан унифицированный протокол обработки этих данных, не проведен сравнительный анализ данных из разных источноков. В работе предполагается разработать унифицированный протокол обработки данных по РНК-хроматиновым взаимодействиям, создать базу данных по таким взаимодействим, провести сранительный анализ данных по РНК-хроматиновым взаимодействиям, провести эволюционный анализ хроматин-ассоциированных РНК.
RNA plays an important role in the regulation of chromatin function. Recently, a number of experimental approaches have been developed to search for such interactions. At present, a fairly large array of information on RNA-chromatin interactions has been accumulated. However, a unified protocol for processing these data has not yet been developed, and a comparative analysis of data from different sources has not been carried out. The work is intended to develop a unified protocol for processing data on RNA-chromatin interactions, create a database on such interactions, conduct a comparative analysis of data on RNA-chromatin interactions, and conduct an evolutionary analysis of chromatin-associated RNAs.
В результате выполнения проекта будет: - Разработан унифицированный протокол обработки сырых данных. - Разработана база данных по РНК-хроматиновым контактам. - Разработан веб-интерфейс к этой базе, позволяющий пользователю самостоятельно проводить элементарный анализ РНК-хроматиновых контактов. - Проведен сравнительный анализ результатов, полученных в разных экспериментах. - Аннотированы и охарактеризованы новые хроматин-ассоциированные РНК. - Проведено сравнение данных по РНК-хроматиновым контактам с HiC данными. - Проведен анализ консервативности хроматин ассоциированных РНК. - Проведено сравнение хроматиновых контактов РНК с данными по белок-РНК контактам.
Коллектив достаточно давно занимается анализом хроматина. В частности, нами разработан метод поиска корреляций между эпигеномными разметками генома. Метод основан на Фурье-анализе. На основе этого метода разработана программа StereoGene, которая обладает весьма широким функционалом и работает очень быстро – корреляционный анализ пары треков на геноме человека занимает менее 1 минуты. Мы применили нашу программу к данным Human Epigenome Atlas и создали базу данных по корреляциям (http://makarich.fbb.msu.ru/lena/tissue_feature/html/main_table.html). Мы также участвовали в разработке другой программы для анализа корреляций эпигеномных разметок - GenometriCorr. В этом методе используются достаточно продвинутые методы статистического анализа результатов.
В результате выполнения проекта будет: - Разработан унифицированный протокол обработки сырых данных. - Разработана база данных по РНК-хроматиновым контактам. - Разработан веб-интерфейс к этой базе, позволяющий пользователю самостоятельно проводить элементарный анализ РНК-хроматиновых контактов. - Проведен сравнительный анализ результатов, полученных в разных экспериментах. - Аннотированы и охарактеризованы новые хроматин-ассоциированные РНК. - Проведено сравнение данных по РНК-хроматиновым контактам с HiC данными. - Проведен анализ консервативности хроматин ассоциированных РНК. - Проведено сравнение хроматиновых контактов РНК с данными по белок-РНК контактам.
грант РФФИ |
# | Сроки | Название |
1 | 1 января 2020 г.-31 декабря 2020 г. | Анализ данных РНК-хроматиновых взаимодействий |
Результаты этапа: | ||
2 | 1 января 2021 г.-31 декабря 2021 г. | Анализ данных РНК-хроматиновых взаимодействий |
Результаты этапа: | ||
3 | 1 января 2022 г.-31 декабря 2022 г. | Анализ данных РНК-хроматиновых взаимодействий |
Результаты этапа: |
Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".