Широкомасштабный поиск малых открытых рамок считывания, необходимых для пролиферации клеток человекаНИР

Large-Scale Search for Small Open Reading Frames Required for Human Cell Proliferation

Источник финансирования НИР

грант РНФ

Этапы НИР

# Сроки Название
1 15 мая 2023 г.-31 декабря 2023 г. Широкомасштабный поиск малых открытых рамок считывания, необходимых для пролиферации клеток человека
Результаты этапа: В ходе первого года выполнения проекта было отобрано около тысячи малых открытых рамок считывания (малых ОРС), расположенных в 5’-нетранслируемых областях мРНК человека, основываясь на имеющихся в открытом доступе данных рибосомного профилирования. Для проведения широкомасштабного скрининга выбранных малых ОРС с помощью системы CRISPR-Cas9 подобраны специфичные гидовые РНК, нацеленные на выбранные мишени. Создана библиотека гидовых РНК, включающая в себя также отрицательные и положительные контроли. Данная библиотека может быть использована для отбора малых ОРС, которые играют роль для различных процессов в клетке. Библиотека последовательностей, кодирующих гидовые РНК, клонирована в вектор, с помощью которого в свою очередь получена библиотека лентивирусных частиц. Полученную бибилиотеку лентивирусов использовали для скрининга малых ОРС, которые важны для пролиферации клетки. Установлено, что в ходе проведения эксперимента покрытие библиотеки не было нарушено. Таким образом, полученные данные можно использовать для анализа и выявления малых ОРС, которые важны для жизнеспособности клеток человека.
2 1 января 2024 г.-31 декабря 2024 г. Широкомасштабный поиск малых открытых рамок считывания, необходимых для пролиферации клеток человека
Результаты этапа: В ходе второго года выполнения проекта проведен анализ данных скрининга малых ОРС, которые важны для пролиферации клеток человека. Обнаружено, что инактивация 135 малых ОРС снижает жизнеспособность клеток модельной линии HAP1. Индивидуальная проверка 25 малых ОРС при помощи анализа конкуренции показала, что случайные мутации в 22 малых ОРС отрицательно влияют на пролиферацию мутантных клеток по сравнению с диким типом. Проведено клонирование последовательности и анализ 5’-концов мРНК для 6 проверенных малых ОРС методом 5’ RACE, который подтвердил последовательность 5’-концов целевых транскриптов. С помощью клонированных последовательностей подтверждена трансляция 4 малых ОРС в составе репортерной конструкции при помощи мечения кодируемых пептидов меткой HiBiT. Кроме того, для 2 малых ОРС получены клеточные линии со вставкой последовательности довеска HiBiT на С-конце кодируемых ими пептидов. При помощи данных линий показано, что кодируемые меченые пептиды присутствуют в клетках при эндогенной экспрессии. Для изучения функции конкретной малой ОРС получены клеточные линии с инактивированной малой ОРС гена MCRS1 с помощью системы CRISPR-Cas9. Установлено, что данная малая ОРС подавляет трансляцию основной ОРС MCRS1. Кроме того, показано, что в 5’-нетранслируемой области гена MCRS1 также присутствует несколько других малых ОРС, которые принципиально могут транслироваться.
3 1 января 2025 г.-31 декабря 2025 г. Широкомасштабный поиск малых открытых рамок считывания, необходимых для пролиферации клеток человека
Результаты этапа:

Прикрепленные к НИР результаты

Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".