ИСТИНА

Целью проекта является изучение новых ингибиторов PARP1 на основе природных азотистых оснований, как потенциальных лекарственных соединений, с использованием комплексного подхода, сочетающего молекулярное моделирование, классический иммунохимический скрининг, а также уникальную технологию spFRET микроскопии (которая позволяет анализировать действие соединений в контексте нуклеосомы/хроматина). Для этого необходимо решить следующие задачи: (1) С помощью предварительного иммунохимического скрининга (дот-блоттинг) отобрать наиболее перспективные ингибиторы PARP1 на основе природных азотистых оснований для более детального изучения; (2) Для наиболее перспективных соединений с помощью spFRET микроскопии исследовать возможность связывания с PARP1 на уровне нуклеосомы, а также способность вызывать состояние так называемого трэппинга (образование непродуктивного комплекса PARP1-ДНК); (3) Провести детальное моделирование связывания наиболее эффективных ингибиторов в активном центре PARP1, проанализировать взаимосвязь между структурой и активностью; (4) Поскольку PARP1 обладает высокой конформационной подвижностью, необходимо исследовать важные для катализа и ингибирования конформационные состояния данного белка с помощью молекулярной динамики.

The goal of the project is to study new PARP1 inhibitors based on natural nitrogenous bases as potential drug compounds, using an integrated approach combining molecular modeling, classical immunochemical screening, as well as the unique technology of spFRET microscopy (which allows analyzing the effect of compounds in the context of the nucleosome/chromatin). To do this, it is necessary to solve the following problems: (1) Using preliminary immunochemical screening (dot blotting), select the most promising PARP1 inhibitors based on natural nitrogenous bases for more detailed study; (2) For the most promising compounds, use spFRET microscopy to study the possibility of binding to PARP1 at the nucleosome level, as well as the ability to induce the so-called trapping state (formation of an unproductive PARP1-DNA complex); (3) Conduct detailed modeling of the binding of the most effective inhibitors to the active site of PARP1, analyze the relationship between structure and activity; (4) Since PARP1 has high conformational mobility, it is necessary to study the conformational states of this protein important for catalysis and inhibition using molecular dynamics.