Разработка метода прогнозирования энтальпий образования и сублимации аминокислот и пептидовНИР

Development of the method for predicting the enthalpies of formation and sublimation of amino acids and peptides

Источник финансирования НИР

грант РФФИ

Этапы НИР

# Сроки Название
1 1 января 2009 г.-31 декабря 2009 г. Разработка метода прогнозирования энтальпий образования и сублимации аминокислот и пептидов
Результаты этапа: Теоретические значения энтальпий образования газообразных аминокислот бета-аланина, саркозина и 4-аминобутановой кислоты, а также 5 азотистых оснований (тимина, аденина, цитозина, гуанина и урацила), участвующих в образовании ДНК и РНК, рассчитаны используя как прямой неэмпирический G3X метод на основе энергий атомизации, так и метод изодесмических реакций, в котором высокая точность расчетов достигается за счет погашения эффектов корреляции электронов в реакциях с участием структурно близких молекул. На основе рассчитанных величин проанализирована точность экспериментальных энтальпий образования соединений в газообразной и твердой фазах, а также энтальпий сублимации и рекомендованы надежные экспериментальные данные для перечисленных соединений. Выполненные расчеты позволили разрешить противоречия в имеющихся экспериментальных данных.
2 1 января 2010 г.-31 декабря 2010 г. Разработка метода прогнозирования энтальпий образования и сублимации аминокислот и пептидов
Результаты этапа: Теоретические значения энтальпий образования газообразных аминокислот валина, метионина, лейцина, пролина, альфа-фенилглицина, N-фенилглицина и фенилаланина рассчитаны используя как прямой неэмпирический метод Gaussian-4 на основе реакций атомизации, так и метод изодесмических реакций, в котором высокая точность расчетов достигается за счет погашения эффектов корреляции электронов в реакциях с участием структурно близких молекул. На основе рассчитанных величин проанализирована точность экспериментальных энтальпий образования соединений в газообразной и твердой фазах, а также энтальпий сублимации. Рекомендованы надежные экспериментальные данные для перечисленных соединений. Выполненные расчеты позволили разрешить противоречия в имеющихся экспериментальных данных и создали основу для последующей разработки эмпирической схемы для предсказания энтальпий образования разнообразных аминокислот и пептидов.
3 1 января 2011 г.-31 декабря 2011 г. Разработка метода прогнозирования энтальпий образования и сублимации аминокислот и пептидов
Результаты этапа: Значения энтальпий образования 20 протеиногенных, или стандартных, аминокислот (аланина (Ala), аргинина (Arg) , аспарагина (Asn), аспарагиновой кислоты (Asp), валина (Val), гистидина (His), глицина (Gly), глутамина (Gln), глутаминовой кислоты (Glu), изолейцина (Ile), лейцина (Leu), лизина (Lys), метионина (Met), пролина (Pro), серина (Ser), тирозина (Tyr), треонина (Thr), триптофана (Trp), фенилаланина (Phe) и цистеина (Cys)) и пяти других важных аминокислот (?-аланина (?-Ala), саркозина (Sar), N-фенилглицина (N-Phg), ?-фенилглицина (?-Phg) и ?-аминобутировой кислоты (?-Abu)) в газообразном состоянии определены на основе квантово-химических расчетов. Рекомендованные значения получены из расчетов методом изодесмических реакций, используя значения энергий, рассчитанные методом Gaussian-4. В изодесмических реакциях в качестве модельных рассматривались соединения, энтальпии образования которых надежно определены из эксперимента. Кроме того, расчеты выполнены для реакций с аминокислотами, значения энтальпий образования которых рекомендованы в настоящей работе. В результате получен набор взаимно самосогласованных значений энтальпий образования, погрешность которых оценивается в 4-8 кДж/моль. Рассчитанные значения энтальпий образования позволили проанализировать имеющиеся экспериментальные данные и подтвердить их точность (для Gly, Ala, ?-Ala, ?-Abu, Met, N-Phg, Sar, Pro, Ser) или указать на ненадежность (для Cys, Phe, ?-Phg, Leu, Val). Для 11 аминокислот данные по энтальпии образования в газовой фазе определены впервые. Полученные значения энтальпий образования использованы для разработки аддитивного метода прогнозирования энтальпий образования аминокислот и пептидов. На основе определенных групповых вкладов рассчитаны энтальпии образования ряда аминокислот и простейших пептидов (Gly-Gly, Gly-Ala, Gly-Asn, Ala-Ala, ?-Ala-Ala, Ser-Ser, Gly-Val, Gly-Leu, Gly-Phe, Ala-Phe, Val-Phe, Gly-Gly-Gly, Gly-Phe-Ala, Gly-Gly-Gly-Gly-Gly-Gly и др.). Используя экспериментальные литературные данные по энтальпиям образования аминокислот в твердом состоянии, для всех рассмотренных аминокислот и пептидов были оценены энтальпии сублимации, которые дают возможность рассчитать энтальпии сольватации и тем самым перейти к изучению характера взаимодействия аминокислот при растворении.

Прикрепленные к НИР результаты

Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".