![]() |
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ЦЭМИ РАН |
||
Выяснение принципов функционирования живых систем требует тесной интеграции молекулярных подходов, в том числе методов геномики и протеомики, с детальным количественным анализом структурной организации клеток и субклеточных компартментов с целью максимально точного картирования биомолекул различной природы и определения механизмов биогенеза клеточных структур. Практические аспекты данного рода исследований определяются тем, что понимание структурной организации и динамики клеточных структур имеет огромное значение в биомедицинских исследованиях, способствуя развитию новых технологий диагностики и лечения заболеваний различной природы. Целью настоящего исследования, таким образом, является комплексное исследование субклеточной организации клеток эукариот в норме и при патологии и разработка новых методических подходов для мультимодального микроскопического анализа клеточных структур. Работа направлена на выяснение принципов молекулярной и надмолекулярной организации клеток высших эукариот, что остается одной из наиболее актуальных проблем современной биологии. Исследования в этой области чрезвычайно активизировались в последние годы, что объясняется несколькими причинами. С одной стороны, успехи протеомики и геномики, разработка новых методов молекулярно-биологического и микроскопического анализа позволяют более глубоко изучать клетку , ее органеллы. С другой стороны, медицина, биотехнология и нанотехнологии требуют все более точного описания клеточной организации, что необходимо для разработки новых лекарств, материалов, технологий. Таким образом, на данном этапе развития науки появилась возможность и осознана необходимость широкого изучения самых общих принципов организации клетки эукариот.Выяснение таких принципов является темой настоящей работы.
The work is aimed at clarifying the principles of molecular and supramolecular organization of cells of higher eukaryotes, which remains one of the most urgent problems of modern biology. Research in this area is extremely active in recent years, due to several reasons. On the one hand, advances in proteomics and genomics, development of new methods of molecular-biological and microscopic analysis allows to study more deeply the cell and its organelles. On the other hand, medicine, biotechnology and nanotechnology require a more accurate description of the organization of the cell, it is necessary to develop new drugs, materials, technologies. Thus, at this stage of development of science has emerged an opportunityand matured the demand for a broad study of the most common principles of eukaryotic cell organization.Elucidation of such principles is the subject of this study.
1) Будет проведен систематический поиск веществ, обладающих анти-тропомиозиновым и анти-микротрубочковым эффектом. Будут созданы экспериментальные модели in vitro, в которых вещества, обладающие анти-тропомиозиновым и анти-микротрубочковым эффектом будут действовать синергично и будут исседованы механизмы синергетического эффекта. 2) Будет проведен анализ взаимодействия микротрубочек с фокальными контактами и исследована динамика образования и разборки фокальных контактов на примере клеток, трансфецированных «ранними» и «поздними» (винкулин) белками фокальных контактов. 3) Будут исследованы особенности белкового состава и кинетики сборки порового комплекса в клетках, экспрессирующих прогерин в процессе нормального старения. Будут использованы иммунофлуоресцентный анализ для исследования локализации белков-нуклеопоринов и будут сконструированы конструкции, кодирующие белки, связанные с GFP. 4) Будет изучен процесс сегрегации компонентов проядрышек с использованием метода анализа молекулярных взаимодействия FRET, а так же изучение роли GAR-домена фибрилларина в специфическом накоплении белка в сегрегировавших компонентах интерфазных проядрышек.
Данное направление исследований развивалось в НИИ ФХБ с момента его основания в 1965 году. Основные интерезы научных групп, участвующих в разработке тематики, сосредоточено на морфофункциональных исследованиях клеточного ядра, систем цитоскелета и структуры и функуии митохондрий в норме и патологии. Были разработаны оригинальные методики исследований, включавшие в первую очередь методы мультимодальной мультимасштабной микроскопии, в том числе корреляционные подходы. Были получены важные данные в пользу модели иерархической укладки ДНК в составе интерфазных и митотических хромосом и исследована роль архитектурных белков хроматина в реконструкции высших уровней компактизации ДНК после репликации. Были исследованы динамические свойства микротрубочек как важного фактора регуляции барьерной функции эндотелия и дифференциальная роль подсистем актинового цитоскелета, сформированного бета- и гамма-изоформати актина, в цитоплазматических и дерных процессах. Была исследована роль ядерной ламины в регуляции механических свойств ядра и влияние мутантных форм ламина А на пространственную организацию хроматина в ядре.
1) Анализ расположения слитого с GFP белка - нуклеопорина POM-121 в составе ядерной оболочки при транзитной трансфекции клеток с использованием иммунофлуоресцентного анализа показал неравномерность встраивания этого белка в индивидуальные ядерные поры. При этом в состаренных in vitro фибробластах человека ядерные поры нормальной морфологии в составе ядерной оболочки расположены достаточно равномерно, в количестве 10-12 комплексов пор на мкм2. 2) Получены плазмиды для анализа межмолекулярных взаимодействий в составе интерфазных проядрышек (ECFP-NPM1 и FBL-EYFP). Проанализированы взаимодействия между NPM1 и FBL на ранних этапах формирования проядрышек, когда эти два белка колокализуются на уровне световой микроскопии. Показано, что GAR-домен фибрилларина накапливается в части проядрышка, содержащей NPM1, а не FBL. 3) Проведен систематический поиск веществ, обладающих анти-тропомиозиновым и анти-микротрубочковым эффектом. В ходе скрининга из возможных кандидатов выбраны два вещества - TR100 и ATM-3507. Созданы экспериментальные модели восьми культивируемых in vitro опухолевых клеток человека (нейробластом линий CHLA-20, CHLA-90, SK-N-BE(2), SK-N-SH, SH-SY5Y, CHP-134, SKMEL-28 и PC3). Анализ взаимодействия клеток перечисленных линий с веществами, обладающиим анти-тропомиозиновым (ATM-3507 и TR100) и анти-микротрубочковым (винкристин и винбластин) эффектом, позволил выбрать для дальнейших исследований модели, в которых эти вещества действуют синергично. На модели клеток CHLA-20 показано, что оба антитропомиозиновых вещества в сочетании с винкристином блокируют митотическое деление клеток в фазе G2 – M, что происходит из-за нарушений формирования нормального митотического веретена и приводит апоптозу.
госбюджет, раздел 0110 (для тем по госзаданию) |
# | Сроки | Название |
1 | 1 января 2024 г.-31 декабря 2024 г. | Выяснение общих закономерностей структурной организации ядерных и цитоплазматических органелл клеток эукариот |
Результаты этапа: 1)Для поиска новых ингибиторов трансактивации вируса иммунодефицита человека проведен анализ баз данных на предмет идентификации активности известных ингибиторов, механизмов трансактивации, способов выявления трансактиваторной активности, а также алгоритмов поиска ингибиторов трансактиваторной активности. 2)Исследован процесс реорганизации хроматина при репликации ДНК на модели хроматина растений с аномально крупным геномом. Показано, что гетерохроматин подвергается обратимой деконденсации на уровне хромонемных элементов непосредственно в сайтах репликации. 3)На основе Mycolicibacterium smegmatis получен рекомбинантный штамм, экспрессирующий P450scc-систему коры надпочечников быка, активно синтезирующий прегненолон, однако вследствие наличия в клетках систем, осуществляющих деградацию стероидов, прегненолон трансформируется в прогестерон. При использовании в качестве субстратов биоконверсии 3-метоксиметилового эфира холестерола в оптимизированных условиях рекомбинантный штамм продуцировал 85,2±4,7 мол. % 3-метоксиметилпрегненолона в течение 48 ч. После снятия защиты с 3-метоксиметильной функции кислотным гидролизом был выделен кристаллический прегненолон высокой чистоты (более 98% по массе). Полученные результаты открывают перспективы создания новых микробных биокатализаторов, способных эффективно производить стероидные соединения. 4)С использованием полицистронных плазмид была получена панель штаммов E. coli - BL21(DE3)pLys, С41, Rosetta(DE3)pLys, HMS174 и BL21(DE3) с реконструированной Р450scc-системой быка и белком STARD1 или STARD3 человека для эффективной трансформации холестерина в прегненолон, являющийся общим предшественником всех стероидных гормонов млекопитающих. Проведена оценка уровней экспрессии гетерологичных кДНК и стабильности гетерологичных белков в полученных клетках. Ультраструктурный анализ показал, что экспрессия 4-х гетерологичных генов млекопитающих в клетках данных штаммов не приводит к изменению их морфологии и что синтезирующиеся гетерологичные белки не образуют телец включения и, следовательно, приобретают нативную конформацию. Проведено определение эффективности трансформации холестерина в прегненолон полученными штаммами. Обнаружено, что активность P450scc системы варьирует в зависимости от использованного гена белка-переносчика (например, при использовании STARD1 или STARD3 и клеток BL21(DE3) она возрастает в ~ 1,9 и ~ 3,2 раза соответственно) и в зависимости от используемого штамма клеток. В качестве наиболее перспективного штамма выбраны клетки E. coli Rosetta(DE3)pLys – в случае использования STARD3 активность P450scc системы в данных клетках превышает ее активность в клетках BL21(DE3) более чем на порядок (в ~ 11,3 раза). 5)Проведено исследование молекулярных маркеров в разных компартментах эякулятов молодых мужчин на уровне протеома и транскриптома малых некодирующих РНК (мнРНК). В семенной плазме (СМ) идентифицировано 420 белков, а во внеклеточных везикулах (ВВ) – 979 белков. Из них 27% (299 белков) являются общими для обоих компартментов, 121 (11%) – специфичны для СП и 680 (62%) – специфичны для ВВ. Наиболее сильно экспрессирующимися в СП оказались простат-специфический антиген (KLK3), простатная кислая фосфатаза (PPAP) и пролактин-индуцируемый белок (PIP). Простатная кислая фосфатаза сильнее всего представлена во ВВ, где ее концентрация примерно в 20 раз выше, чем в СП. Уникальным для ВВ белком оказался белок обмена хлорид-анионов (S26A3), который не обнаружен ни в одном из образцов СП. С помощью секвенирования транскриптомов мнРНК во ВВ идентифицировано 256 miRNA, 62 piRNA, 159 зрелых tRNA и 77 фрагментов tRNA (tsRNA). В сперматозоидах более широко представлены piRNA (230), тогда как мнРНК остальных классов меньше: 104 miRNA, 136 зрелых tRNA и 13 tsRNA. Из всех идентифицированных мнРНК 94 miRNA, 44 piRNA, 128 зрелых tRNA и 8 tsRNA присутствуют и во ВВ, и в сперматозоидах, 162 miRNA, 18 piRNA,31 зрелых tRNA и 69 tsRNA обнаруживаются только во ВВ и, наконец, 10 miRNA, 186 piRNA, 8 зрелых tRNA и 5 tsRNA обнаруживаются только в сперматозоидах. Во ВВ 7 miRNA (miR-370-3p, miR-381-3p, Mir-320-P4_3p, miR-187-3p, miR-27a-3p, miR-1224-5p и miR-146a-5p) имеют четко выраженную негативную, а piR-28763 – позитивную корреляцию с уровнями KLK3. 6)Проведен анализ транскриптомов и ДНК-метиломов растений арабидопсиса при формировании передаваемой между поколениями растений эпигенетической памяти на повторяющийся биотический стресс (инфекция паразитическим растением повиликой). Идентифицированы гены, играющие роль главных регуляторов защитных ответов растения-хозяина на данный биотический стресс, а также гены – предполагаемые носители эпигенетической памяти. 7)На модели клеток ВНК21, содержащих виментиновые и десминовые промежуточные филаменты, исследовали механизмы контроля митохондриальных функций в клетках со смешанной сетью промежуточных филаментов. Нокдаун одного или обоих белков промежуточных филаментов в этих клетках при помощи РНК-интерференции или нокаута соответствующих генов показал, что при удалении любого из них мембранный потенциал митохондрий оставался на том же уровне, что и в присутствии двух белков. Удаление двух белков одновременно приводило к снижению потенциала на 20%. Таким образом, виментин и десмин играют одинаковую роль в поддержании мембранного потенциала митохондрий. 8)Изучены данные пациентов (n = 90) с первичной цилиарной дискинезией (ПЦД) . При трансмиссионной электронной микроскопии обнаружено полное отсутствие наружных и внутренних динеиновых ручек (51 %) и внутренних динеиновых ручек (17,9 %) в аксонемах ресничек дыхательного эпителия. Полноэкзомное секвенирование выполнено у 55 (61,2 %) пациентов. Наиболее распространенными были генетические варианты в генах DNAH5 и HYDIN. Проведено электронно-микроскопическое исследование сперматозоидов 10 пациентов с полной потерей подвижности жгутиков сперматозоидов. Отсутствие наружных и внутренних динеиновых ручек аксонемы жгутиков сперматозоидов обнаружено в 3 образцах. При полноэкзомном секвенировании обнаружен патогенный вариант нуклеотидной последовательности c.461A > C в экзоне 4 гена CCDC103 в гомо/гемизиготном состоянии у сибсов с ПЦД, у их фертильного брата – в гетерозиготном состоянии. 9)При ультраструктурном и иммунофлуоресцентном анализе сперматозоидов пациентов с глобулозооспермией выявлены особенности организации ядерной периферии: изменение формы ядра, аномальное распределение ламина В1, а также аномальное для сперматозоидов сохранение ядерных пор в ядерной оболочке вне зависимости от степени конденсации хроматина. 10)Проведено исследование особенностей тублинового цитоскелета в клетках морских губок. Единственными тубулиновыми структурами, наблюдаемой в дифференцированных клетках губок, являются жгутики хоаноцитов, состоящие из ацетилированного тубулина, и веретена деления. Методами микроскопии видимого света и просвечивающией электронной микроскопии показано, что тубулиновый цитоскелет временно формируется в клетках губок на этапе трансдифференцировки при формирования нового организма из отдельных клеток. 11)Применен инновационный метод исследования биологических структур – микроскоп экстремального ультрафиолетового диапазона (ЭУФ) с высокоапертурным зеркальным объективом прямого падения. Данный прибор позволяет получать изображения с латеральным разрешением (предельным) 31 нм и аксиальным разрешением порядка 100 нм в сочетании со съемкой серий оптических срезов. Были изучены несколько биологических структур: гистологические срезы стеблей растений, тканей животных – кость и легкое, а также приготовленные по методике пробоподготовки для электронной микроскопии ультратонкие срезы сетчатки глаза крысы. Отличительной особенностью всех изученных препаратов является «ажурность» – или исходно присущая материалу ячеистая структура, или искусственно созданные в процессе пробоподготовки резкие вариации контраста. Проведен корреляционный анализ с использованием методов световой, трансмиссионной и сканирующей электронной микроскопии. | ||
2 | 1 января 2025 г.-31 декабря 2025 г. | Выяснение общих закономерностей структурной организации ядерных и цитоплазматических органелл клеток эукариот |
Результаты этапа: | ||
3 | 1 января 2026 г.-31 декабря 2026 г. | Выяснение общих закономерностей структурной организации ядерных и цитоплазматических органелл клеток эукариот |
Результаты этапа: | ||
4 | 1 января 2027 г.-31 декабря 2027 г. | Выяснение общих закономерностей структурной организации ядерных и цитоплазматических органелл клеток эукариот |
Результаты этапа: | ||
5 | 1 января 2028 г.-31 декабря 2028 г. | Выяснение общих закономерностей структурной организации ядерных и цитоплазматических органелл клеток эукариот |
Результаты этапа: |
Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".