|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ЦЭМИ РАН |
||
Широкомасштабный биоинформатический поиск генов, играющих важную роль в развитии мозга и регенерации придатков телаНИР
- Руководитель НИР: Любецкий В.А.
- Участники НИР: Белостоцкий А.А., Горбунов К.Ю., Жижина Е.А., Зверков О.А., Кановей В.Г., Королев С.А., Пирогов С.А., Рубанов Л.И., Русин Л.Ю., Селиверстов А.В.
- Сторонняя организация: Институт проблем передачи информации им. А.А.Харкевича Российской академии наук
- Срок исполнения: 1 августа 2013 г. - 31 декабря 2015 г.
- Номер договора (контракта, соглашения): 13-04-40196-Н КОМФИ
- Номер ЦИТИС: 01201369298
- Тип: Фундаментальная
- Приоритетное направление научных исследований: другое
- ПН России: Науки о жизни
-
Рубрики ГРНТИ:
- 34.15.29 Молекулярная эволюция
- 34.21.17 Эмбриональное развитие
- 34.55.15 Математические и машинные модели биосистем
-
Ключевые слова:
семейства белков, эпиморфная регенерация, паралоги, локальная геномная синтения, хордовые, передний мозг
-
Описание:
Создание алгоритмов и с их помощью поиск генов, имеющихся у современных низших позвоночных, но исчезнувших у высших позвоночных. Разработка с помощью оригинальных алгоритмов эволюционных деревьев и совместных сценариев эволюции для найденных генов, их регуляторных систем и соответствующих видов; классификация белков, кодируемых найденными генами; идентификация сигнальных путей, в которые они участвуют; моделирование процессов, которые они регулируют в процессах развития мозга и регенерации придатков тела.
- Добавил в систему: Русин Леонид Юрьевич
Источник финансирования НИР
| грант РФФИ |
Этапы НИР
| # | Сроки | Название |
| 2 | 1 августа 2013 г.-31 декабря 2015 г. | Широкомасштабный биоинформатический поиск генов, играющих важную роль в развитии мозга и регенерации придатков тела |
| Результаты этапа: Разработан алгоритм и программа lossgainRSL, которая прошла отладку и тестирование и может быть предложена для широкого использования; в настоящее время программа представлена на сайте лаборатории http://lab6.iitp.ru/ru/lossgainrsl/. Она позволяет предсказывать гены, присутствующие у одного набора видов и отсутствующие у другого набора видов. Программа применялась для анамний (ген присутствует) и амниот (ген отсутствует) и некоторых других наборов позвоночных. В результате были предсказаны гены лягушки Xenopus tropicalis (идентификаторы по Ensembl, http://www.ensembl.org): ENSXETG00000016048 (foxo1), ENSXETG00000025525 (pnhd), ENSXETG00000023966 (sfrpx) и ещё 15 генов (предварительный список размещён по адресу http://lab6.iitp.ru/ru/lost_genes/). Результаты переданы группе А. Зарайского, которая по некоторым из этих генов уже получила положительные результаты. Построены кластеры белков, перечисленных в плане на 2014й год видов, с использованием разработанной нами программы кластеризации clusterSZL, которая апробирована на геномах актинобактерий [Lyubetsky et al. 2014], пластидах родофитной ветви [Zverkov et al. 2014] и полных геномах хордовых животных. Результаты представлены в общедоступной базе данных, размещённой на сайте лаборатории (http://lab6.iitp.ru/npc/chord28e78/) и позволяющей, в частности, искать семейства белков по заданному филогенетическому профилю. Проверка близости по локальной геномной синтении отнесена к программе lossgainRSL. Обе программы основаны на принципиально новых результатах в теории графов (согласование совместной эволюции генов, регуляторных элементов и видов [Rusin et al. 2014]) и в дискретной оптимизации (построение ортологичных рядов [Селиверстов 2014]). Результаты представлены в публикациях. В полном виде они приняты для устного доклада на международном конгрессе «Биотехнология – состояние и перспективы развития» (Москва, 2015й год) и представлены в журнал Molecular Biology and Evolution. Test | ||
Прикрепленные к НИР результаты
Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".