![]() |
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ЦЭМИ РАН |
||
В ходе реализации проекта были созданы различные атомистические модели нуклеосом в явном растворителе, проведен подбор параметров моделирования и проведено их моделирование методом молекулярной динамики, с последующим анализом результатов моделирования. Проведен детальный анализ взаимодействия различных частей нуклеосом (ДНК, отдельных гистонов и т.д.), изучены основные конформационные моды подвижности нуклеосомы, как целого. Изучена подвижность ДНК в нуклеосоме, распределение ионов и молекул воды в структуре и вокруг нуклеосомы. На основании подробного анализа молекулярно-динамических моделей составлена картина структурно-энергетического устройства нуклеосом, и изучена иерархия взаимодействий между компонентами макромолекулярного комплекса, определяющая его структуру, включая сворачивание и позиционирование ДНК на гистонах. Получены данные о временах устойчивости различных комплексов гистонов и динамике релаксации ДНК при удалении отдельных гистонов. Создана модель искусственной суперспирализации и деспирализации ДНК на нуклеосоме, разработаны протоколы силовой молекулярной динамики нуклеосом. Создана модель компактизации 30 нм фибриллы на основании ковариационной моды gaping. Разработан метод визуализации объемных данных моделирования, таких как распределение воды и ионов, а так же электростатического потенциала. Исследованы кинетические характеристики адсорбции и десорбции ДНК на гистоновых комплексах.
грант РФФИ |
# | Сроки | Название |
1 | 1 января 2012 г.-31 декабря 2012 г. | Этап 1 |
Результаты этапа: Целью проекта является применение методов суперкомпьютерного моделирования для изучения структурных, энергетических и динамических характеристик нуклеосомных комплексов. На данном этапе проекта велись работы по изучению структурно-энергетического устройства нуклеосом и изучение механизмов позиционирования последовательностей на гистонах с помощь ряда методов атомистического молекулярного моделирования. Были созданы молекулярно-динамические модели нуклеосом, проведены расчеты методом молекулярной динамики, изучены взаимодействия различных частей нуклеосомы, изучены основные конформационные моды подвижности нуклеосомы. На основании подробного анализа молекулярно-динамических моделей составлена картина структурно- энергетического устройства нуклеосом, и изучена иерархия взаимодействиймеждукомпонентамимакромолекулярного комплекса, определяющая его структуру, включая сворачивание и позиционирование ДНК на гистонах. | ||
2 | 1 января 2013 г.-31 декабря 2013 г. | Этап 2 |
Результаты этапа: В ходе реализации проекта были созданы различные атомистические модели нуклеосом в явном растворителе, проведен подбор параметров моделирования и проведено их моделирование методом молекулярной динамики, с последующим анализом результатов моделирования. Проведен детальный анализ взаимодействия различных частей нуклеосом (ДНК, отдельных гистонов и т.д.), изучены основные конформационные моды подвижности нуклеосомы, как целого. Изучена подвижность ДНК в нуклеосоме, распределение ионов и молекул воды в структуре и вокруг нуклеосомы. На основании подробного анализа молекулярно-динамических моделей составлена картина структурно-энергетического устройства нуклеосом, и изучена иерархия взаимодействий между компонентами макромолекулярного комплекса, определяющая его структуру, включая сворачивание и позиционирование ДНК на гистонах. Получены данные о временах устойчивости различных комплексов гистонов и динамике релаксации ДНК при удалении отдельных гистонов. Создана модель искусственной суперспирализации и деспирализации ДНК на нуклеосоме, разработаны протоколы силовой молекулярной динамики нуклеосом. Создана модель компактизации 30 нм фибриллы на основании ковариационной моды gaping. Разработан метод визуализации объемных данных моделирования, таких как распределение воды и ионов, а так же электростатического потенциала. Исследованы кинетические характеристики адсорбции и десорбции ДНК на гистоновых комплексах. |
Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".