ИСТИНА

В ходе реализации проекта были созданы различные атомистические модели нуклеосом в явном растворителе, проведен подбор параметров моделирования и проведено их моделирование методом молекулярной динамики, с последующим анализом результатов моделирования. Проведен детальный анализ взаимодействия различных частей нуклеосом (ДНК, отдельных гистонов и т.д.), изучены основные конформационные моды подвижности нуклеосомы, как целого. Изучена подвижность ДНК в нуклеосоме, распределение ионов и молекул воды в структуре и вокруг нуклеосомы. На основании подробного анализа молекулярно-динамических моделей составлена картина структурно-энергетического устройства нуклеосом, и изучена иерархия взаимодействий между компонентами макромолекулярного комплекса, определяющая его структуру, включая сворачивание и позиционирование ДНК на гистонах. Получены данные о временах устойчивости различных комплексов гистонов и динамике релаксации ДНК при удалении отдельных гистонов. Создана модель искусственной суперспирализации и деспирализации ДНК на нуклеосоме, разработаны протоколы силовой молекулярной динамики нуклеосом. Создана модель компактизации 30 нм фибриллы на основании ковариационной моды gaping. Разработан метод визуализации объемных данных моделирования, таких как распределение воды и ионов, а так же электростатического потенциала. Исследованы кинетические характеристики адсорбции и десорбции ДНК на гистоновых комплексах.