| Результаты этапа: В соответствии с поставленными задачами проекта для разработки всероссиискойсистемы комлекснойоценки племеннойценности по совокупности признаков молочнойпродуктивности с использованием модели TD ssGBLUP AM были получены следующие научные результаты:
1. Единая база данных информации о племенных животных на основании существующей базы данных лаборатории молекулярно-генетической экспертизы ООО «Мой Ген». Участникам проекта при непосредственном участии коллег из Всероссийского Научно-исследовательского института Племенного дела удалось сформировать единую базы данных информации о молочной продуктивности и происхождении животных молочного направления продуктивности из 51 региона Российской Федерации. Для формирования единой базы данных использовались первичные базы информации о животных из 1122 предприятий, внесенных в реестр племенных организаций Министерства сельского хозяйства Российской Федерации. Для каждого животного с законченной лактацией, входившего в 1122 локальные базы данных, была выгружена информация о молочной продуктивности и происхождении. Все локальные базы данных имели стандартный формат и для их обработки и выгрузки данных были разработаны уникальные алгоритмы работы. В качестве информации о молочной продуктивности для каждого животного выгружалась информация о TD (от англ. - Test-Day, день, когда собираются показатели молочной продуктивности животного за контрольный дойный день) для каждой лактации: информация о суточном удое, суточном проценте жира и суточном проценте белка. В итоговую базу данных вошла информация о молочной продуктивности 2 425 135 коров с 5 450 240 законченными лактациями. Среднее количество тестовых дней, приходившихся на одну лактацию, составило 9. Также для всех животных, для которых была известна информация о происхождении, было выгружена вся первичная информацию о происхождении. Для каждого животного выгружалась информация о всех известных поколениях предков по отцовской и материнской линии. В результаты, в связи с низким качеством первичной информации о происхождении, единая база данных содержала информацию о происхождении только для 1 920 056 животных. В результате была создана уникальная не имеющая аналогов на территории Российской Федерации единая база данных племенных животных из всех регионов с развитым молочном животноводством, которая впервые позволяет провести популяционно-генетические исследования на всероссийском уровне с использованием междисциплинарного подхода, привлекая специалистов в области геномики, зоотехнии и биоинформатики.
2. Система оценки достоверности данных молочной продуктивности племенных животных молочного направления продуктивности из 44 субъектов Российской Федерации; В рамках данного научного результата была разработана уникальная, не имеющая аналогов система контроля качества молочной продуктивности, которая позволяет отсеять ошибочные и недостоверные данные из дальнейшего анализа. Данная система было разработана с использованием уникальных алгоритмов, комбинирующих в себе фундаментальные значения в области зоотехнии и биоинформатики.
3. Была сформирована уникальная сводная база данных о происхождении племенных животных по отцовской и материнской линии, в которую вошла информация для 69 131 быка и 2 551 529 коров молочного направления продуктивности. Стоит отметить, что в среднем на одного быка приходилось по 4 записи в первичной базе данных (299 892 записей о быках-предках коров с законченной лактацией были сгруппированы в 69 131 группу записей). Разработанная система впервые позволяет скомбинировать разнородную информацию о происхождении племенных животных молочного направления продуктивности из более чем 1000 хозяйств Российской Федерации.
4. Расширенная всероссийская референсная популяция племенных животных молочного направления продуктивности, в которую будут включены животные из базы данных генотипов племенных животных ООО "Мой Ген" и дополнительно генотипированные в рамках выполнения исследования племенные животные.
Таким образом, в рамках получения данного научного результата впервые была сформирована расширенная всероссийская референсная популяция племенных животных молочного направления продуктивности, в которую входит информация о молочной продуктивности 1 546 313 коров и генотипы 790 высокоценных быков-предков данных коров. Междисциплинарный характер данного научного результата заключается в комбнировании информации из различных областей научных знаний – зоотехнии, генетики, геномики и биоинформатики для возможности проведения дальнейших популяционно-генетических исследований популяции КРС молочного направления продуктивности.
5. В соответствии с поставленными задачами проекта для разработки всероссийской системы комплексной оценки племенной ценности по совокупности признаков молочной продуктивности с использованием модели TD ssGBLUP AM была увеличена точность предсказания на 3% по сравнению с моделью годовой лактации за счет минимизации остаточной функции регрессии путем увеличения количества вычислений, а так же за счет восстановления части недостающей информации в матрице родства путем итерационной оценки ковариационной матрицы остаточной ошибки.
6. Так же был разработан прототип веб ресурса, который позволяет авторизированному пользователю получать и подгружать данные молочной продуктивности, данных генотипирования и информацию о происхождении племенных животных. И запускать перерасчет оценки племенной ценности всей модели. Система включает в себя интеллектуальный автоматизированный поиск животных, что может служить средством эффективного взаимодействия племенных предприятий для увеличения производительности молочных продуктов в РФ. (144.206.234.159/TD) |
