|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ЦЭМИ РАН |
||
ALLELEBUILDER: НОВОЕ ПРИЛОЖЕНИЕ ДЛЯ ОБРАБОТКИ И АНАЛИЗА NGS (454 И ILLUMINA) ДАННЫХ ТАРГЕТНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ ГЕНОВтезисы доклада
- Авторы: Сперанская А.С., Криницына А.А., Беленикин М.С., Кудрявцева А.В., Мельникова Н.В., Дмитриев А.А., Снежкина А.А., Садритдинова А.Ф., Шаргунов А.В., Краснов Г.С.
- Сборник: СБОРНИК ТРУДОВ IV МЕЖДУНАРОДНОЙ НАУЧНО-ПРАКТИЧЕСКОЙ КОНФЕРЕНЦИИ Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине
- Тезисы
- Год издания: 2014
- Место издания: Казань, Россия
- Первая страница: 16
- Последняя страница: 16
- Аннотация: Нами разработано приложение Allele Builder для обработки и анализа данных таргетного секвенирования генов с помощью NGS (454 и Illumina). Последовательность обработки данных в Allele Builder включает следующие шаги: (1) фильтрация ридов с элиминацией дивергентных последовательностей; (2) первичная обработка ошибок прочтения: поиск редких вариантов данного участка (1-5 нукл.) и замещение их на соотв. фрагменты из других наиболее близких прочтений; (3) обрезка 3’-концов с высокой степенью несоответствия с другими, наиболее близкими ридами; (4) исключение рекомбинантных последовательностей, для чего в Allele Builder предложено два алгоритма: “minor fraction” и “de cluster. Второй алгоритм не всегда может быть использован для метагеномных исследований. На заключительном (5) шаге производится кластеризация фильтрованных прочтений и создание консенсусных последовательностей, предположительно соответствующих различным генам. Разработанное приложение было апробировано при анализе данных секвенирования фрагментов геномной ДНК растений (5S рРНК, ITS и двухдоменных генов семействаPin-II), полученных на приборе GSJunior (454, Roche). Allele Builder доступен по адресу: http://sourceforge.net/p/allelebuilder/
- Добавил в систему: Криницына Анастасия Александровна