Атлас карт вероятности заселенности конформаций для дипептидов

Басов, И.В.; Грошев, С.В.; Карпенко, А.П.; Шайтан, К.В.; Шуров, Д.Л.

Авторы: Басов И.В., Грошев С.В., Карпенко А.П., Шайтан К.В., Шуров Д.Л.
Журнал: Интернет-журнал Науковедение
Том: 9
Номер: 6
Год издания: 2017
Первая страница: 1
Последняя страница: 59
Аннотация: Изучение пространственной структуры и структурной динамики полипептидов и, в частности, дипептидов имеет большое значение для понимания их функционирования и разработки методов направленной модификации биологических функций этих макромолекул. Полипептиды являются гетерополимерами, состоящими из природных аминокислотных остатков, соединенных пептидными связями. Тепловые флуктуации пространственной структуры полипептидов называются конформационной динамикойполипептидов и играют важную роль в функционировании биополимеров. Основной вклад в конформационную динамику и пространственную структуру полипептидов вносят изменения двугранных (торсионных) углов при поворотах аминокислотных остатков вокруг одинарных химических связей в полипептидной цепи. Для изучения конформационной динамики биополимеров используем метод молекулярной динамики, основанный на численном решении систем уравнений механики макромолекул. Рассматриваем динамические аналоги известных карт Рамачандрана, которые показывают вероятности реализации значений торсионных углов основной цепи полипептидов и именуются картами вероятности заселенности конформаций. Эти карты строим на основе предварительно полученных траекторий молекулярной динамики, а затем кластеризуем с использованием самоорганизующейся карты Кохонена. Представляем карты заселенности конформаций для всех возможных 400 дипептидов. Ключевые слова: дипептиды; конформационная динамика полипептидов; карта Рамачандрана; карта вероятности заселенности конформаций; кластерный анализ; самоорганизующаяся карта Кохонена https://naukovedenie.ru/PDF/44TVN617.pdf
Добавил в систему: Шайтан Константин Вольдемарович

	ИСТИНА	Войти в систему Регистрация
	ИСТИНА ЦЭМИ РАН
	Главная Поиск Статистика О проекте Помощь

ИСТИНА

ИСТИНА ЦЭМИ РАН

Атлас карт вероятности заселенности конформаций для дипептидовстатья Исследовательская статья

Прикрепленные файлы