Аннотация:Предметом проведенного исследования является комплекс наукоемких производственных предприятий, объединенных и функционирующих в форме проектно-ориентированных компаний, которые представляют собой сложные динамические системы, обладающие повышенной эффективностью за счет изменения своих структуры и функций, институциональной адаптации или использования проектных методов управления и оптимизации. В статье выявлены особенности методов оценки финансовой эффективности таких компаний, главная из которых состоит в том, что такие компании рассматривают свою деятельность в виде отдельных независимых проектов, которые имеют свои центры затрат и прибылей. Предложен авторский вариант решения проблемы выбора оптимального инвестиционного проекта среди нескольких возможных в рамках инвестиционной программы или портфеля проектов, которые могут быть взаимно независимыми по отношению друг к другу, взаимоисключающими или взаимовлияющими. Цель работы состоит в исследовании возможностей, перспектив и организационно-экономических механизмов применения проектного похода для эффективного управления наукоемкими предприятиями, что позволит оперативно внедрять новые технологии и формировать оптимальные производственные структуры. Полученные результаты будут полезны органам государственной власти, ответственным за развитие наукоемкой промышленности, а также частным и государственным компаниям, желающим с выгодой для себя принять участие в реализации крупных инновационных проектов и программ. В ходе проведенного исследования предложены методы оценки эффективности наукоемких проектно-ориентированных компаний, позволяющие выявить их основные преимущества и недостатки при выполнении поставленных перед ними конкретных производственных задач