Короткие стемы в псевдоузловых структурах РНК

Баулин, Е.Ф.; Кориневская, А.В.; Тихонова, П.О.; Ройтберг, М.А.

Авторы: Баулин Е.Ф., Кориневская А.В., Тихонова П.О., Ройтберг М.А.
Журнал: Математическая биология и биоинформатика
Том: 13
Номер: 2
Год издания: 2018
Первая страница: 526
Последняя страница: 533
DOI: 10.17537/2018.13.533
Аннотация: Данная работа посвящена анализу роли так называемых коротких стемов, т.е. стемов длиной в два или три спаривания оснований, в псевдоузловых структурах РНК. Как известно, задача предсказания вторичной структуры РНК, включая псевдоузлы произвольного типа, является NP-сложной задачей, что определяет актуальность поиска путей такого ограничения рассматриваемых типов псевдоузлов, которое позволит решать задачу за полиномиальное время. Псевдоузлы в экспериментально разрешенных пространственных структурах РНК более чем на половину состоят из коротких стемов, энергетическая нестабильность которых подтверждается как различными математическими моделями, так и косвенно экспериментальными данными. Так, например, согласно представленным данным, коротким стемам чаще соответствуют внутренние петли и реже – шпильки, чем в среднем по всем стемам. В работе показано, что при исключении из рассмотрения коротких стемов, разнообразие псевдоузлов сводится к двум базовым типам – H-узлы и Kissing Loops. Единственным исключением является псевдоузел, образованный интроном группы II бактерии Oceanobacillus iheyensis. Экземпляры данного псевдоузла состоят из 12–13 стемов, причем исключение коротких стемов не приводит к изменению сигнатуры псевдоузла. В рассмотренных структурах интроны группы II представлены тремя организмами, однако в двух других организмах подобные псевдоузлы не сохраняют свой тип при исключении коротких стемов. Интересно, что данный псевдоузел образуется только при наличии фрагмента экзона Intron Binding Site 1, а при его отсутствии сводится к базовому типу Kissing Loops.
Добавил в систему: Баулин Евгений Федорович

	ИСТИНА	Войти в систему Регистрация
	ИСТИНА ЦЭМИ РАН
	Главная Поиск Статистика О проекте Помощь

ИСТИНА

ИСТИНА ЦЭМИ РАН

Короткие стемы в псевдоузловых структурах РНКстатья Исследовательская статья Электронная публикация

Прикрепленные файлы