|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ЦЭМИ РАН |
||
Короткие некодирующие РНК - продукты транскрипции 6S РНК в бактерии Rhodobacter sphaeroidesтезисы доклада Тезисы
- Авторы: Елкина Д.А., Буренина О.Ю., Банникова В.А., Транкова Н.А., Лисицкая Л.А., Кульбачинский А.В., Первушин Д.Д., Кубарева Е.А.
- Сборник: Acta Naturae спецвыпуск
- Том: 2
- Тезисы
- Год издания: 2019
- Первая страница: 22
- Последняя страница: 22
- Аннотация: 6S РНК регулирует транскрипцию генов в клетке, связываясь с РНК-полимеразой (РНКП) и блокируя её активность. РНКП способна препятствовать этому процессу: используя 6S РНК как матрицу для транскрипции, она синтезирует короткие олигорибонуклеотиды – пРНК (product RNA, pRNA), часть которых связывается с 6S РНК и меняет её конформацию. В результате происходит высвобождение РНКП из комплекса с 6S РНК. Особенности синтеза, свойства и функции пРНК в бактериальной клетке мало изучены. Согласно нашим данным 6S РНК R. sphaeroides имеет длину 162 нуклеотидных остатка (н.о.) и постоянно экспрессируется в клетках с разной эффективностью в зависимости от фаз роста клеточной культуры. Синтез специфических пРНК длиной 12–16 н.о. в условиях in vivo был продемонстрирован с помощью Нозерн-блоттинга общей клеточной РНК R. sphaeroides: максимум их экспрессии наблюдается в экспоненциальной и переходной фазах роста клеток, что также согласуется с данными RNA-Seq. В экспериментах по транскрипции in vitro при использовании РНКП из E. coli и 6S РНК R. sphaeroides было зафиксировано образование пРНК длиной более 24 н.о. Для установления деталей синтеза и роли пРНК в механизме функционирования 6S РНК разработана схема выделения и очистки РНКП из R. sphaeroides. Она включает осаждение белка полиэтиленимином, аффинную, эксклюзионную и анионообменную хроматографии. Показано, что полученная РНКП обладает транскрипционной активностью, начато исследование её взаимодействий с 6S РНК in vitro. В клетках РНКП синтезирует огромное количество пРНК, лишь малый процент которых не диссоциирует из комплекса с 6S РНК, что может свидетельствовать о наличии у пРНК дополнительных функций. Например, пРНК могут взаимодействовать с комплементарными последовательностями мРНК, выступая в роли антисмысловых РНК. В ходе биоинформатического анализа мРНК R. sphaeroides был определен набор потенциальных мишеней для пРНК. Энергия гибридизации пРНК с мРНК-мишенями в среднем более отрицательная, чем это ожидается по случайным причинам, что позволяет выбрать наиболее вероятных кандидатов. В дальнейшем будет проведен сравнительный анализ уровней экспрессии этих мРНК методом количественной ПЦР в штамме дикого типа и в штамме с делецией гена 6S РНК.
- Добавил в систему: Кубарева Елена Александровна
Прикрепленные файлы
| № | Имя | Описание | Имя файла | Размер | Добавлен |
|---|---|---|---|---|---|
| 1. | Полный текст | Acta-Naturae-Elkina_1.pdf | 1,5 МБ | 27 декабря 2019 [KubarevaEA] |