АНАЛИЗ ТРАНСКРИПТОМА ЛИНИЙ Drosophila melanogaster С НАРУШЕНИЕМ КОНТРОЛЯ ТРАНСПОЗИЦИИ РЕТРОТРАНСПОЗОНА gypsyстатьяИсследовательская статья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 19 августа 2020 г.
Аннотация:Для исследования причин нарушения контроля активности мобильных генетических элементов в
линиях с фенотипом flamenco SS (w, мутант flamenco) и MS (w, мутант flamenco, активная копия gypsy)проведено секвенирование транскриптомов этих линий. В качестве контроля была использована линия Д32 (лабораторная линия дикого типа). Разработан алгоритм для поиска аминокислотных замен в данных высокопроизводительного секвенирования РНК, использующий для анализа триплетный код. При помощи разработанного алгоритма обнаружено семь нонсенс-мутаций. Методом аллель-специфичной ПЦР подтверждено наличие пяти из семи найденных in silico нонсенс-мутаций. Однако обнаруженные нонсенс-мутации не связаны с фенотипом flamenco. Проведен поиск
мутаций в 89 генах системы РНК-интерференции в линиях SS и МS относительно референсного ге-
нома BDGP6 и линии дикого типа Д32. Не обнаружено делеций, вставок, нонсенс-кодонов и других
нарушений, которые могут однозначно приводить к изменению функции гена. Для выявления ге-
нов со специфической экспрессией для линий с фенотипом flamenco сравнивали транскриптомы
линий SS и MS c контрольными линиями Д32, OregonR, w1118. Выделен набор из 25 генов с диффе-
ренциальной экспрессией, среди которых у двух генов, sosie и CR45822, значительно изменена экспрессия в линиях SS и MS. Оба гена прямо или косвенно вовлечены в оогенез. Таким образом, экспрессия генов sosie и CR45822 может быть использована в качестве маркера фенотипа flamenco в линиях SS и MS.