Аннотация:В данной работе изучалась молекулярная динамика объёмных анизотропных структур на примере полностью гидратированной пальмитоилолеилфосфатидилхолиновой мембраны в столкновительном термостате и баростате Берендсена. Представлено достаточно полное описание условий и протоколов, совокупность которых никогда ранее не была применена при МД расчётах данной системы. При этом производится сравнение с данными МД, полученными в различных силовых полях и при различных условиях.
В исследовании был произведён специальный подбор параметров протокола МД, который позволил привести поверхностную плотность и толщину мембраны в соответствие с экспериментом. Использовалась высокая степень гидратации мембраны, что позволило уменьшить эффекты, вызванные введением периодических граничных условий. Для поддержания изотермических условий применялся столкновительный термостат, который не приводит к нелинейным аттракторным режимам, искажающим статистически равновесное распределение энергии по степеням свободы. Помимо обычного метода МД была развита и применена версия метода управляемой молекулярной динамики (SMD), которая позволяет ускорять динамику молекулярных процессов по определённым степеням свободы. В результате оказалось возможным оценить величину мембранной микровязкости в различных частях исследуемого анизотропного бислоя. Таким образом, использование SMD позволяет дать количественную оценку параметрам, описывающим физические механизмы элементарных актов массопереноса в микрогетерогенных структурах.
