Методы управляемой динамики для молекулярного дизайна сложных мембранных структур

Шайтан, К.В.; Терешкина, К.Б.; Турлей, Е.В.; Левцова, О.В.; Ли А; Голик, Д.Н.

Авторы: Шайтан К.В., Терешкина К.Б., Турлей Е.В., Левцова О.В., Ли А., Голик Д.Н.
Сборник: Материалы Третьего съезда Общества биотехнологов России им. Ю.А.Овчинникова
Тезисы
Год издания: 2005
Место издания: Макс Пресс Москва
Первая страница: 26
Аннотация: В настоящее время значительное внимание уделяется изучению мембранных белков, пептидов и их взаимодействию с биомембранами. Методы молекулярной динамики играют важную роль в понимании происходящих явлений и позволяют связать данные по структуре мембранных белков и мембран с выполняемыми ими биологическими функциями. Для изучения динамики и дизайна таких структур, содержащих весьма большое число атомов, проводилась разработка методов неравновесной управляемой молекулярной динамики. При исследовании динамики функционирования ионных каналов были изучены процессы диффузии ионов и аквакомплексов в каналах ацетил холинового и глицинового рецепторов, а также грамицидина А. Отметим, что для глицинового рецептора была проведена компьютерная реконструкция канальной части. Было показано, что скорость миграции ионов в канале не является постоянной и сильно зависит от локального аминокислотного микроокружения. Это обстоятельство дает возможность дизайна каналов за счет точечных мутаций. Среднее значение коэффициентов диффузии ионов в каналах составляет порядка 10-5-10-6 см2/пс, что согласуется с имеющимися экспериментальными данными. Было установлено следующее предположительное расположение ворот для открытия мускаринового ацетилхолинового канала: αA-VAL255, βB-VAL261, δC-Val269, αD-VAL255 и γE-ILE264. При этом конформационные изменения, происходящие при присоедине¬нии лиганда, передаются на остатки ТМ2 домены субъединиц А и D, что приводит к их вращению и открытию канала. Вариант метода управляемой молекулярной динамики был применен для дизайна наношприца - устройства трансмембранной доставки пептида. Расчеты подтверждают возможность самосборки наношприца из углеродной нанотрубки и гидрофобного соединения (например, полиаланина). Обсуждается механизм выброса пептида из шприца в воду и мембрану и перспективы применения такого наноробота при модификации нанотрубки функциональными группами, специфическими к конкретным сайтам.
Добавил в систему: Турлей Егор Владимирович

	ИСТИНА	Войти в систему Регистрация
	ИСТИНА ЦЭМИ РАН
	Главная Поиск Статистика О проекте Помощь

ИСТИНА

ИСТИНА ЦЭМИ РАН

Методы управляемой динамики для молекулярного дизайна сложных мембранных структуртезисы доклада

Прикрепленные файлы