|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ЦЭМИ РАН |
||
Оценка возможности введения ВКО при определении ботанического происхождения меда методом метабаркодированиястатья
- Авторы: Криницына А.А., Сизова Т.В., Корнеенко Е.В., Купцов С.В., Федотова А.В., Омельченко Д.О., Касьянов А.А., Айгинин А.С., Логачева М.Д., Сперанская А.С.
- Сборник: Молекулярная диагностика и биобезопасность – 2020. Сборник материалов под. ред. В.Г. Акимкина, М.Г. Твороговой
- Год издания: 2020
- Место издания: ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора Москва
- Первая страница: 110
- Последняя страница: 110
- Аннотация: Введение. Метабаркодинг (определение таксономического положения организма по коротким уникальными последовательностям ДНК) – перспективный подход для определения ботанического состава меда. Выделение ДНК из содержащейся в меде пыльцы проводят после серии ее отмывок, которые могут приводить к частичной или полной потереобразца и, как следствие, к искажению результатов анализа отсеквенированных ДНК-баркодов. Добавление к исследуемому образцу внутреннего контрольного образца (ВКО)может помочь количественно оценить потери пыльцы в процессе отмывки.Цель. Оценить возможность использования пыльцу не медоносных растений в качествеВКО.Материалы и методы. Для работы были использованы: мед цветочный полифлерный(жидкий) и подсолнуховый крем-мед. В качестве ВКО – свежесобранная пыльца Lilium sp.Перед началом работы подсчитывали число пыльцевых зерен (ПЗ) в 1 мкл суспензии и нормировали ее до 200 штук в 1 мкл. Далее, в навеску каждого образца меда добавляли 500,1000 и 5000 ПЗ ВКО и проводили все процедуры отмывки общей пыльцы (последовательно 180 мл буфера TES (10 мМ Тris-HCl pH=8.0, 2mM EDTA, 0,5% SDS (55°С), вода (55°С)). ДНКвыделяли CTAB-методом с незначительными модификациями. Для создания библиотекДНК-баркодов использовали праймеры фланкирующие участок ITS1 и смесь полимеразEncyclo (Евроген, Россия), набор Ion Xpress Plus Fragment Library Kit без амплификации.Секвенирование проводили на приборе Ion S5 (Thermo Fisher Scientific).Результаты. Добавление 500 ПЗ в образец цветочного меда привело к появлению 1,38±0,6 %ридов лилии. Увеличение числа ПЗ ВКО в 2 и в 10 раз привело к увеличению числа ридовВКО до 3,4±0,57% и 11,5±2,88%, соответственно, а для остальных видов число ридов практически не менялось. Введение ПЗ ВКО в подсолнуховый крем-мед привело к тому, что большая часть прочтений (72-82%) относилась к ПЗ ВКО, но для других видов сильно снизилось:Helianthus – с 53-70% до 1-5 %, Reseda – c 6,9-8,1% до 0,2-0,4%. Вероятно, это связано с тем,что количество собственной пыльцы в подсолнуховом меде было изначально мало.Выводы. использование чужеродной пыльцы в качестве ВКО при определении ботанического состава меда методом метабркодинга возможно, однако требует дополнительнойоценки количества пыльцы в исследуемом образце.Выполнено при поддержке МОН (14.609 21.0101).
- Добавил в систему: Сперанская Анна Сергеевна