Динамика формирования коллективных конформационных степеней свободы при фолдинге макромолекулярной цепи в вязкой среде

Шайтан, К.В.; Ложников, М.А.; Кобельков, Г.М.

Авторы: Шайтан К.В., Ложников М.А., Кобельков Г.М.
Журнал: Биофизика
Том: 62
Номер: 2
Год издания: 2017
Издательство: ФГБУ "Издательство "Наука"
Местоположение издательства: Москва
Первая страница: 249
Последняя страница: 257
Аннотация: Методами вычислительного эксперимента изучена динамика формирования коллективных конформационных степеней свободы при релаксационном фолдинге модельной биополимерной цепи, состоящей из 50 узлов в вязкой среде, описанной ранне в [1]. Показано, что в процессе сворачивания цепи под действием ван-дер-ваальсовских сил, действующих между валентно не связанными атомами в вязкой среде формируются коллективные конформационные движения. Коллективные движения имеют несколько типичных форм, включая бегущую от одного конца к другому волну разнонаправленных смещений узлов цепи (подобно солитону) в ответ на возмущение положения концевой группы. Вклады отдельных узлов в середине цепи в скорость диссипации энергии оказываются примерно одинаковыми. Концевые узлы вносят вклад в диссипацию энергии примерно в 2-4 раза больший, чем внутренние узлы. Результаты численного эксперимента согласуются с развитыми ранее теоретическими представлениями о конформационной динамике линейно связанных систем в вязкой среде [2] в пределе очень большого числа узлов [3]. Ключевые слова: моделирование динамики биополимеров, динамика фолдинга, принцип минимума скорости диссипации энергии, распределение скоростей диссипации энергии по конформационным степеням свободы, корреляция конформационных движений, энергетическая воронка
Добавил в систему: Шайтан Константин Вольдемарович

	ИСТИНА	Войти в систему Регистрация
	ИСТИНА ЦЭМИ РАН
	Главная Поиск Статистика О проекте Помощь

ИСТИНА

ИСТИНА ЦЭМИ РАН

Динамика формирования коллективных конформационных степеней свободы при фолдинге макромолекулярной цепи в вязкой средестатья

Прикрепленные файлы