|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ЦЭМИ РАН |
||
КРИСТАЛЛОГРАФИЯ И МОЛЕКУЛЯРНАЯ ДИНАМИКА В АНАЛИЗЕ ВЗАИМОСВЯЗЕЙ СТРУКТУРЫ И ФУНКЦИИ G БЕЛОК-СОПРЯЖЕННЫХ РЕЦЕПТОРОВ: ПОВЕРХНОСТИ СВОБОДНОЙ ЭНЕРГИИтезисы доклада
- Авторы: Сивожелезов В.С., Новиков Г.В., Шайтан К.В.
- Сборник: Первый Российский кристаллографический конгресс "От конвергенции наук к природоподобным технологиям" 21 - 26 ноября 2016 г., Москва, Россия, Сборник тезисов
- Тезисы
- Год издания: 2016
- Первая страница: 220
- Аннотация: Кристаллография является необходимым инструментом структурных исследований GPCR [1], что в сочетании с молекулярной динамикой является основой изучения конформационного пространства рецепторов, характеризующегося поверхностью свободной энергии [2]. Однако методы кристаллизации GPCR приводят к ограниченности конформаций GPCR, доступных кристаллографии. Нами проведено сравнение всех пространственных структур GPCR по методу [3], и для каждого из GPCR они схожи лишь для неактивных конформаций. Активные конформации одного и того же рецептора часто группируются не друг с другом, а со структурами других рецепторов. Следовательно, для исследования энергетического ландшафта рецепторов необходима МД, но она ограничена временем достижения активной конформации и недостатками в описании липидных мембран. Преодоление указанных ограничений возможно методами кристаллизации, сохраняющими подвижность рецепторов в кристалле, с использованием рентгеновского излучения на свободно-электронных лазерах (XFEL), которое позволяет получать «мгновенные» структуры [4] для анализа поверхности свободной энергии. В молекулярной динамике оно возможно с использованием принципа минимума средней скорости диссипации энергии [5]. [1] Shonberg, J., Kling, R.C., et al. //Bioorganic & medicinal chemistry, 2015, том 23, № 14, с 3880-3906. [2] Miao, Y., Nichols, S.E., & McCammon, J.A.//Physical Chemistry Chemical Physics, 2014, том 16, № 14, с 6398-6406. [3] Новиков, Г.В., Сивожелезов, В.С., Шайтан, К.В. //Биохимия, 2012, том 77, № 5, с 544-554. [4] Liu, W., Wacker, D., et al. ///Science, 2013, том 342, № 6165, с 1521-1524. [5] Шайтан, К.В., Ложников, М.А., Кобельков, Г.М.//Биофизика, 2016, том 61, № 4, с 629-637.
- Добавил в систему: Шайтан Константин Вольдемарович