|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ЦЭМИ РАН |
||
Суперкомпьютерное моделирование ковалентного ингибированияосновной протеазы вируса SARS-CoV-2статья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК- Авторы: Немухин А.В., Григоренко Б.Л., Лущекина С.В., Варфоломеев С.Д.
- Журнал: Известия Академии наук. Серия химическая
- Номер: 11
- Год издания: 2021
- Издательство: ФГБУ "Издательство "Наука"
- Местоположение издательства: Москва
- Первая страница: 2084
- Последняя страница: 2089
- Аннотация: Методы молекулярного моделирования применены для дизайна потенциального ковалентного ингибитора основной протеазы (Mpro) вируса SARS-CoV-2 и исследования еговзаимодействия с ферментом. Соединение включает бензоизотиазолоновый (BZT) фрагмент от антималярийных препаратов и фрагмент 5-фтор-6-нитропиримидин-2,4(1Н,3Н)-дион (FNP), построенный по мотивам перспективных ингибиторов других цистеиновыхпротеаз. Фрагмент BZT обеспечивает связывание лиганда на поверхности белка, а фрагмент FNP ответственен за эффективную химическую реакцию с каталитическим остатком цистеина в активном центре Mpro, приводящую к образованию стабильного ковалентного аддукта по реакции нуклеофильного ароматического замещения. Согласно результатам суперкомпьютерных расчетов энергетического профиля реакции методом квантовой механики/молекулярной механики энергия аддукта на 21 ккал•моль–1 ниже уровня энергии реактантов, в то время как наибольший энергетический барьер на реакционном пути составляет 9 ккал•моль–1. Эти оценки свидетельствуют о том, что реакция может проходить эффективно и блокировать функционирование Mpro. Рассчитанные структурына пути реакции иллюстрируют механизм реакции нуклеофильного ароматического замещения SNAr в ферментах. Результаты работы важны для поиска потенциальных лекарственных препаратов – блокаторов развития коронавирусной инфекции.
- Добавил в систему: Немухин Александр Владимирович
Прикрепленные файлы
| № | Имя | Описание | Имя файла | Размер | Добавлен |
|---|