ОПРЕДЕЛЕНИЕ КОНСТАНТ ДИССОЦИАЦИИ КОМПЛЕКСОВ ДНК-АПТАМЕРОВ С РЕЦЕПТОР-СВЯЗЫВАЮЩИМ ДОМЕНОМ S-БЕЛКА ВИРУСА SARS-CoV-2

Грабовенко, Ф.И.; Абросимова, Л.А.; Зацепин, Т.С.; Зверева, М.Э.

Авторы: Грабовенко Ф.И., Абросимова Л.А., Зацепин Т.С., Зверева М.Э.
Сборник: III Объединенный научный форум физиологов, биохимиков и молекулярных биологов (Сочи, Дагомыс, 3–8 октября 2021)
Том: 2
Тезисы
Год издания: 2021
Первая страница: 259
Последняя страница: 259
Аннотация: Цель текущего проекта — разработка сенсорной системы прямого определения вируса SARS-CoV-2 с использованием метода гигантского комбинационного рассеяния (ГКР). Для специфического узнавания вирусного S-белка планируется использовать аптамер с ГКР-активной меткой. Рецептор-связывающий домен (RBD) S-белка SARS-CoV-2 играет ключевую роль в проникновении вируса в клетку-хозяина [1], и поэтому представляется потенциальной мишенью для создания методов детекции вирусных частиц. В исследовании [2] было описано получение ДНК-аптамеров, по мнению авторов, специфически связывающих RBD S-белка SARS-CoV-2. В связи с этим, важной подзадачей текущей работы было получить оценку специфичности взаимодействия иммобилизованных аптамеров из работы [2] c RBD и провести отбор новых аптамеров с большейспецифичностью, чем у описанных ранее. Для этого было проведено планирование последовательностей и мест введения модификаций; были синтезированы биотинилированные олигонуклеотиды, моделирующие аптамеры из статьи [2]. Для оценки специфичности взаимодействия модифицированных аптамеров с RBD были определены константы диссоциации (Kd) соответствующих комплексов методом биослойной интерферометрии (BLI). Также был начат отбор новых аптамеров. В настоящей работе были подобраны условия проведения BLI-измерений: установлено, что в буфере, использованном в исследовании [2] для оценки величин Kd, наблюдается неспецифическое связывание RBD с поверхностью сенсора, которое может быть устранено включением TWEEN и BSA в состав буфера. Значения Kd комплексов аптамер-RBD, полученные в оптимизированных условиях, имели схожие порядки величин с константами, определёнными ранее в работе [2], что подтверждает высокую аффинность модифицированных аптамеров по отношению к белку RBD. Авторы выражают благодарность сотрудникам Сколтеха: Денису Мельник и Наталье Логвиной за помощь в выделении белка и синтезе олигонуклеотидов. Работа поддержана грантом РФФИ: 20-04-60477.1. Yao H. et al. Molecular architecture of the SARS-CoV-2 virus // Cell. – 2020. – Т. 183. – №. 3. – С. 730-738. E13.2. Song Y. et al. Discovery of aptamers targeting the receptor-binding domain of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein // AnalyticalChemistry. – 2020. – Т. 92. – №. 14. – С. 9895-9900.
Добавил в систему: Грабовенко Фёдор Иванович

	ИСТИНА	Войти в систему Регистрация
	ИСТИНА ЦЭМИ РАН
	Главная Поиск Статистика О проекте Помощь

ИСТИНА

ИСТИНА ЦЭМИ РАН

ОПРЕДЕЛЕНИЕ КОНСТАНТ ДИССОЦИАЦИИ КОМПЛЕКСОВ ДНК-АПТАМЕРОВ С РЕЦЕПТОР-СВЯЗЫВАЮЩИМ ДОМЕНОМ S-БЕЛКА ВИРУСА SARS-CoV-2тезисы доклада Тезисы

Прикрепленные файлы