Аннотация:В работе обсуждаются перспективы применения метагеномных технологий в экологических исследованиях. Описаны успехи в изучении таксономического состава сообществ водных и сухопутных биотопов. Приводятся примеры выявления трофических и форических связей в экосистемах. Подробно показаны возможности метагеномики в исследовании сообществ, образованных прокариотами, и таких трудных для изучения субстратов, как почва и кишечник животных. Описана роль реликтовой ДНК в метагеноме и возможности изучения сообществ древних организмов. Особое внимание уделено критике метагеномных технологий, связанной с низкой воспроизводимостью результатов. Приводятся типичные методические ошибки в сфере биоинформатики, которые приводят к грубому искажению получаемых данных.