|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ЦЭМИ РАН |
||
Биоинформационно-структурный подход к поиску новых оксидаз D-аминокислот. 2022, т. 14 № 4 (55), с. 4-15статья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
- Авторы: Атрошенко Д.Л., Головина Д.И., Сергеев Е.П., Шеломов М.Д., Ельченинов А.Г., Кубланов И.В., Чубарь Т.А., Пометун А.А., Савин С.С., Тишков В.И.
- Журнал: Acta Naturae (русскоязычная версия)
- Том: 14
- Номер: 4(55)
- Год издания: 2022
- Издательство: Парк-медиа
- Местоположение издательства: М.
- Первая страница: 57
- Последняя страница: 68
- DOI: 10.32607/actanaturae.11812
- Аннотация: Оксидаза D-аминокислот (DAAO, КФ 1.4.3.3) играет важную роль в жизни и прокариот, и эукариот – как низших (дрожжи и грибы), так и высших (млекопитающие). В геномах архей гены DAAO пока не найдены. При этом даже внутри одной группы организмов (бактерии, дрожжи и грибы, млекопитающие) DAAO характеризуются очень низкой гомологией аминокислотных последовательностей. Особенно это выражено у бактериальных DAAO. Высокая вариабельность первичных структур DAAO сильно ограничивает поиск генов новых ферментов в известных геномах. В результате многие гены DAAO (если не большинство) остаются или неаннотированными, или неправильно аннотированными. Нами предложен подход, в котором биоинформатические методы в сочетании с анализом общей структуры и структуры активного центра используются для подтверждения того, что найденный ген кодирует именно оксидазу D-аминокислот и предсказания возможного типа ее субстратной специфичности. С помощью поиска по гомологии получают набор кандидатных последовательностей, проводят моделирование третичной структуры отобранных ферментов и сравнивают их с экспериментальными и модельными структурами известных DAAO. Показана эффективность предложенного подхода для дискриминации DAAO и глициноксидаз. С использованием этого подхода в шести штаммах экстремофильных бактерий найдены гены новых DAAO, и впервые в мире один ген идентифицирован в геноме галофильных архей. Предварительные эксперименты подтвердили предсказанную специфичность DAAO из Natronosporangium hydrolyticum ACPA39 в отношении D-Leu и D Phe.
- Добавил в систему: Тишков Владимир Иванович
Прикрепленные файлы
| № | Имя | Описание | Имя файла | Размер | Добавлен |
|---|---|---|---|---|---|
| 1. | Первая страница | Stranitsyi_iz_Atroshenko_2_20221102-2.pdf | 105,0 КБ | 15 ноября 2022 [tishkov] | |
| 2. | Полный текст | AN55_RU_Atroshenko-57-68.pdf | 1,4 МБ | 15 января 2023 [tishkov] |