|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ЦЭМИ РАН |
||
Белки 40S субчастицы рибосомы человека, участвующие в связывании IRES-элемента РНК вируса гепатита С по данным флуоресцентного мечениястатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Информация о цитировании статьи получена из
Web of Science,
Scopus
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 4 февраля 2014 г.
- Авторы: Малыгин А.А., Шатский И.Н., Карпова Г.Г.
- Журнал: Биохимия
- Том: 78
- Номер: 1
- Год издания: 2013
- Издательство: ФГБУ "Издательство "Наука"
- Местоположение издательства: Москва
- Первая страница: 73
- Последняя страница: 81
- DOI: 10.1134/S0006297913010069
- Аннотация: Инициацию трансляции геномной РНК (гРНК) вируса гепатита С (HCV) обеспечивает высокоструктурированный участок в ее 5' нетранслируемой области, т.н. внутренний сайт входа рибосомы (IRES). В настоящей работе проведено зондирование экспонированных NH2 групп белков в 40S субчастицах рибосом человека и в их бинарных комплексах с РНК транскриптами, соответствующими полноразмерному HCV IRES и его фрагментам, с использованием N гидроксисукцинимидного производного флуоресцентного красителя Cy3. С помощью сравнения эффективностей модификации рибосомных белков этим производным в свободных субчастицах и в составе бинарных комплексов субчастиц с указанными РНК транскриптами установлены рибосомные белки, участвующие в связывании HCV IRES. Показано, что связывание 40S субчастиц с РНК транскриптом, соответствующим полноразмерному HCV IRES, приводит к снижению уровней модификации рибосомного белка (rp) S27 и, в меньшей степени, rpS10; кроме того, выявлено заметное снижение эффективности мечения в группе белков RACK1/S2/S3a. Установлено, что при делеции фрагмента HCV IRES, содержащего начальную часть открытой рамки считывания (ORF) гРНК вируса, уровень модификации rpS10 становился таким же, как в изолированных субчастицах; уровни модификации rpS27 и группы белков RACK1/S2/S3a практически не изменялись по сравнению с уровнем, наблюдаемым в комплексе 40S субчастиц с полноразмерным HCV IRES. Показано, что связывание 40S субчастиц с фрагментом HCV IRES, в котором отсутствовали ORF и домен II, приводило к повышению уровня модификации в группе белков RACK1/S2/S3a, при этом эффективность мечения rpS10 и rpS27 оставалась такой же, как при делеции фрагмента ORF. При сопоставлении полученных результатов с известными структурными и биохимическими данными об организации 40S субчастиц и расположении на них HCV IRES выявлены структурные элементы IRES, контактирующие с экспонированными остатками лизина упомянутых выше рибосомных белков. Установлено, что большинство экспонированных остатков лизина в rpS27 участвует в связывании района HCV IRES, образованного сочленением спиралей субдоменов IIIa, IIIb и IIIc с центральным стеблем домена III, и что часть остатков лизина в rpS10 вовлечена в связывание района HCV IRES,соответствующего начальному участку ORF гРНК вируса. Сделан вывод, что остатки лизина rpS3a принимают участие в связывании доменов II и III HCV IRES.
- Добавил в систему: Шатский Иван Николаевич