|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ЦЭМИ РАН |
||
Идентификация сайтов связывания катионных фотосенсибилизаторов на вирусной оболочке методом броуновской динамикитезисы доклада Тезисы
- Авторы: Холина Е.Г., Федоров В.А., Хрущев С.С., Коваленко И.Б., Страховская М.Г., Рубин А.Б.
- Сборник: ТРИДЦАТАЯ МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ
- Том: 30
- Тезисы
- Год издания: 2023
- Издательство: Автономная некоммерческая организация Ижевский институт компьютерных исследований
- Местоположение издательства: Ижевск
- Первая страница: 119
- Последняя страница: 119
- Аннотация: Фотосенсибилизаторы, участвующие в фотодинамических реакциях, могут вызывать повреждение оболочечных вирусов, в связи с чем считаются перспективными кандидатами для инактивации коронавирусов. Исследование точных молекулярных механизмов, лежащих в основе вирулицидной активности биоцидов, необходимо для их рационального применения в медицине и создания новых эффективных веществ.Данная работа посвящена идентификации сайтов связывания катионного фотосенсибилизатора октакис(холинил) фталоцианина цинка (ФЦ) как на отдельных S белках трех коронавирусов SARS-CoV, MERS-CoV, SARS-CoV-2, так и на целой оболочке вириона SARS-CoV-2. Для рассмотренных моделей построено и проанализировано поверхностное распределение электростатического потенциала с помощью программного обеспечения ProKSim. Для каждой модели проведено несколько тысяч независимых расчетов броуновской динамики молекулы ФЦ относительно неподвижной модели белка/вириона. На основе анализа полученных электростатически выгодных диффузионно-столкновительных комплексов продемонстрировано существование общей для трех коронавирусов выраженной области с отрицательным электростатическим потенциалом на соединении «головы» и «ноги», притягивающей молекулу ФЦ. В результате анализа ансамбля полученных структур ФЦ в комплексе с вирионом показано, что в 43 % случаев ФЦ связывается с мембранными белками вирусной оболочки SARS-CoV-2, причем в большинстве случаев связывание происходит с S-белками (80 %). В остальных случаях молекула ФЦ связывается с отрицательно заряженными липидами. Результаты, полученные с применением методов компьютерного моделирования, согласуются с наблюдаемой в экспериментальных исследованиях потерей S белков и разрушением мембраны в результате фотодинамической инактивации коронавируса.
- Добавил в систему: Хрущев Сергей Сергеевич