Аннотация:Одним из этапов патогенеза болезни Альцгеймера является «неправильный» протеолиз белка предшественника бета-амилоидных пептидов (APP). Фермент бета-секретаза-1 связывается с фрагментом APP и осуществляет протеолиз пептидной связи между аминокислотными остатками 671 и 672. Протеолиз трансмембранного фрагмента APP с помощью гамма-секретазы приводит к образованию бета-амилоидных пептидов, которые затем агрегируют. Если же протеолиз осуществляется альфа-секретазой (в позиции: 687-688), бета-амилоидные пептиды не образуются. Исследование субстрат-специфичности бета-секретазы-1 человека показало, что APP не является наиболее подходящим субстратом для этого фермента. Особая предпочтительность была отмечена для пяти аминокислотных остатков, расположенных до разрываемой пептидной связи, а не после неё. Физиологическая важность такого, на первый взгляд, «неправильного» и «неспецифического» пути протеолиза APP, связана с необходимостью выработки бета-амилоидных пептидов на ранних этапах эмбриогенеза: для недифференцированных нейронов эти пептиды являются трофическими факторами. Разработка новых лекарственных средств для лечения болезни Альцгеймера, представляющих собой блокаторы бета-секретазы-1, пока не увенчалась успехом. Более специфичным действием должны обладать блокаторы сайта связывания бета-секретазы-1 на белке APP. Целью работы явилось предсказание вторичной структуры фрагмента белка APP в районе сайта связывания с бета-секретазой-1. Для достижения цели были использованы два новейших метода моделирования трёхмерной структуры белков, не основанные на гомологии: C-С-QUARK и PepFOLD 3.5.