Структура фермент-субстратного комплекса каталитического домена фосфодиэстераз с циклическим дигуанозинмонофосфатомстатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 16 февраля 2016 г.
Аннотация:В работе сообщается о результатах многоуровневого моделирования методом квантовой механики/молекулярной механики (КМ/ММ) структуры сложной молекулярной системы – фермент-субстратного комплекса для одного из важнейших природных ферментов. Полноатомная трехмерная модель каталитического EAL домена фосфодиэстераз с включенным в систему субстратом, циклическим димерным гуанозинмонофосфатом, построена по координатам тяжелых атомов одной из доступных структур из базы данных белковых структур (PDB). Далее в приближении КМ/ММ с использованием методов теории функционала плотности для достаточно большой квантовой подсистемы оптимизированы равновесные геометрические параметры модели. Результаты сопоставлены с параметрами двух кристаллографических структур PDB, что позволяет судить о достоверности полученных данных. Анализ расположения молекулярных групп в активном центре фермента и сравнение новых результатов с данными прежних расчетов реакций гидролиза нуклеозидфосфатов подсказывает направление ферментативной реакции раскрытия цикла в субстрате.