Об одном подходе к реализации алгоритмов Нидлмана–Вунша и Джаро–Винклера и их применении в корреляционном анализе сходства митохондриальных ДНК обезьян. Часть II. Вычислительные экспериментыстатья
Аннотация:В исследованиях молекулярной биологии и геномики крайне важно понимать генетические различия между разными видами. Сравнение сходства последовательностей ДНК может предоставить ценную информацию о родственных связях между видами. В настоящей статье для сравнения митохондриальных ДНК обезьян использовались два алгоритма – Нидлмана – Вунша и Джаро – Винклера; кроме того, в последующих частях статьи будут приведены подобные сравнения и для других млекопитающих. Ранее при проведении подобных исследований у настоящей статьи авторов возникла гипотеза о том, что при применении этих двух алгоритмов для анализа сходства одних и тех же пар геномных последовательностей получаются весьма непохожие результаты. Одним из предметов настоящей статьи и является описание подхода к тому, как именно мы предлагаем давать численные ответы на подобные вопросы. Такие ответы мы предполагаем давать с помощью применения ранговой корреляции, о которой будет сказано в следующих частях статьи. Из результатов настоящей статьи следует необходимость продолжения подробных исследований цепочек ДНК, в частности, на предмет анализа их сходства; то есть подобные задачи остаются и ещё на долгое время останутся весьма актуальными. Основное содержание второй части статьи – описание выполненных вычислительных экспериментов.