|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ЦЭМИ РАН |
||
Топология энеpгетичеcкого ландшафта макpомолекул в пpоcтpанcтве тоpcионныx углов и пpинцип минимума cкоpоcти диccипации энеpгии пpи конфоpмационной pелакcациистатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Статья опубликована в журнале из перечня ВАКСтатья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 26 февраля 2018 г.
- Автор: Шайтан К.В.
- Журнал: Биофизика
- Том: 62
- Номер: 6
- Год издания: 2017
- Издательство: ФГБУ "Издательство "Наука"
- Местоположение издательства: Москва
- Первая страница: 1084
- Последняя страница: 1092
- Аннотация: Обсуждаются перспективы методов молекулярной динамики в применении к сложным задачам структурной биологии, моделирования фолдинга белков и предсказания пространственной структуры биополимеров. Для энергетического ландшафта систем с конформационной подвижностью сформулировано многомерное разложение в ряд Фурье, которое является корректным с точки зрения топологии конфигурационного пространства. Для систем с выделенным глобальным минимумом на энергетическом ландшафте дано правило соответствия фаз для членов многомерного разложения, которое формально похоже на задачу дифракции на многомерной кубической решетке. Обсуждается проблема калибровки силовых полей для биополимеров и их соответствия топологически корректным энергетическим ландшафтам. Получены уравнения движения в матричной форме для релаксации репрезентативной точки на многомерных поверхностях потенциальной энергии. Показано, что решения уравнений для конформационных движений при заданной скорости релаксации потенциальной энергии (или, в данном контексте, заданной скорости сворачивания цепи) удовлетворяют принципу минимума скорости диссипации энергии. Ключевые слова: структурная биология, молекулярная динамика, суперкомпьютерные технологии, энергетические ландшафты, топология энергетической поверхности, конформационная подвижность, функциональная динамика биополимеров, фолдинг, принцип минимума скорости диссипации энергии
- Добавил в систему: Шайтан Константин Вольдемарович
Прикрепленные файлы
| № | Имя | Описание | Имя файла | Размер | Добавлен |
|---|---|---|---|---|---|
| 1. | Полный текст | topologiya-shaytan.pdf | 284,8 КБ | 18 декабря 2017 [ShaitanKV] |